结论：上班迟到30分钟扣100元是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度角度

   • 合法情形：如果公司的规章制度中明确规定了迟到扣款的条款，且该条款的制定程序合法（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），内容合理（如扣款金额与迟到时间、对公司造成的损失等相匹配），并且已向劳动者公示或告知，那么公司依据规章制度对迟到员工进行扣款，是合法的。例如，公司规定迟到30分钟以内扣款50元，迟到超过30分钟扣款100元，且该规定经过合法程序制定并公示，那么扣100元就是合法的。
   • 违法情形：如果公司的规章制度未经合法程序制定，或者内容不合理（如扣款金额过高，远超过迟到可能给公司造成的损失），或者未向劳动者公示或告知，那么公司依据这样的规章制度对迟到员工进行扣款，就是违法的。

2. 法律法规角度

   • 直接规定：目前，我国的劳动法律法规并未直接规定迟到扣款的具体金额或比例。但是，根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。同时，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
   • 间接限制：虽然法律法规未直接规定迟到扣款的具体金额，但根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这意味着，即使公司因员工迟到而遭受了经济损失，扣款金额也受到一定限制。

3. 实际操作建议

   • 对于员工：如果认为公司的迟到扣款规定不合法或不合理，可以先与公司协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
   • 对于公司：在制定迟到扣款规定时，应确保规定的合法性和合理性，遵循民主程序制定并公示或告知劳动者；同时，扣款金额应合理，避免过高或过低，以维护劳动关系的和谐稳定。

举例说明：假设某公司规定迟到30分钟扣款100元，且该规定经过合法程序制定并公示。如果某员工月工资为5000元，那么即使他迟到一次被扣款100元，也未超过其当月工资的20%（即1000元），且扣除后的剩余工资（4900元）仍高于当地月最低工资标准，因此这样的扣款是合法的。但如果该员工月工资仅为2000元，那么扣款100元就占其当月工资的5%，虽然未超过20%的限制，但如果公司频繁扣款或扣款金额累计较高，就可能引发劳动争议。

进一步思考：在实际操作中，迟到扣款往往不是简单的金额问题，还涉及到公司管理、员工激励、劳动关系和谐等多方面因素。因此，公司在制定迟到扣款规定时，应综合考虑各种因素，确保规定的合理性和可行性；员工在面对迟到扣款时，也应理性对待，通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。