针对您提出的“被认定虚开普通发票6000万已补税，检察院会不会相对不起诉”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，虚开普通发票，即便事后补缴了税款，也并不能完全免除刑事责任。虚开发票的行为本身已经触犯了刑法，特别是当虚开的税款数额巨大时，更属于严重的犯罪情节。依据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对于虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的行为，有明确的量刑标准。若虚开的税款数额较大，或存在其他严重情节，会被处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；若虚开的税款数额巨大，或有其他特别严重情节，将面临十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金，甚至可能会被没收财产。

其次，补税只是在量刑时可作为参考的从轻情节之一，它并非免刑的必然理由。司法机关在判定是否追究刑事责任以及量刑幅度时，会综合考量整个案件的情况，包括虚开的具体金额、该行为所造成的后果、纳税人是否主动补税、是否有自首或立功等情节，以及悔罪表现等多方面因素。因此，即便您已经补缴了税款，也不能确保检察院会相对不起诉。

综上所述，被认定虚开普通发票6000万并已补税的情况下，检察院是否会相对不起诉，取决于司法机关对整个案件的综合判断。虽然补税是一个积极的从轻情节，但并不能确保完全免除刑事责任。因此，建议您积极配合司法机关的调查，争取从轻处理，并深刻反省自己的行为，避免再次触犯法律。