结论前置：招标代理费未包含专家费，后续收取的依据主要取决于招标代理合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从合同约定和法律规定两个角度进行详细分析。
一、合同约定角度
合同明确约定：
- 如果招标代理合同中明确约定了招标代理费不包含专家费，且后续专家费需另行支付，那么招标代理机构在提供专家服务后，有权按照合同约定收取专家费。
- 在这种情况下，后续收取专家费的行为具有明确的合同依据，双方应按照合同约定履行各自义务。
合同未明确约定：
- 如果招标代理合同中未明确约定招标代理费是否包含专家费，或者约定不明确，那么双方可能因理解差异而产生争议。
- 在这种情况下，应首先尝试通过协商解决争议。如果协商不成，可以依据《中华人民共和国民法典》中关于合同解释的规定，结合合同目的、交易习惯以及诚实信用原则等，对合同条款进行解释，以确定双方的权利义务。
二、法律规定角度
《中华人民共和国招标投标法》及相关规定：
- 招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。招标代理机构作为招标活动的组织者，应当按照法律法规的规定和招标文件的约定履行职责。
- 如果法律法规或招标文件明确规定了招标代理费应包含专家费，那么招标代理机构不得另行收取专家费。反之，如果法律法规或招标文件未作明确规定，则双方应依据合同约定或行业惯例进行处理。
《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果合同中有明确约定，双方应按照约定执行。
- 同时，民法典也规定了合同解释的原则和方法，以及在合同约定不明确或存在争议时的处理方式。这些规定为处理招标代理费与专家费的关系提供了法律依据。
法律建议：
- 对于招标人：在签订招标代理合同时，应明确约定招标代理费是否包含专家费，以及后续专家费的支付方式和标准等，以避免后续争议。
- 对于招标代理机构：在提供招标代理服务时，应严格按照合同约定履行职责，并明确告知招标人相关费用的构成和支付方式。如果合同中未明确约定专家费，且后续需要收取时，应与招标人进行充分沟通并达成一致意见。
- 在发生争议时：双方应首先尝试通过协商解决争议。如果协商不成，可以寻求法律途径解决，如向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁等。
可能后果：
- 如果招标代理机构未经招标人同意擅自收取专家费，可能构成违约行为，需要承担相应的违约责任。
- 如果招标人拒绝支付合同约定的专家费，招标代理机构有权通过法律途径追讨欠款，并可能要求招标人承担因此产生的额外费用（如诉讼费、律师费等）。
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