中标人支付招标代理费的依据主要基于招标人与中标人之间的明确约定，以及相关法律法规的规定。以下从多个角度详细分析：
一、法律法规依据
《中华人民共和国招标投标法》及相关规定：
- 该法确立了招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则，为招标代理服务费用的支付安排提供了法律框架。虽然该法未直接规定招标代理费由谁支付，但允许招标人与中标人通过约定来确定支付方式。
- 后续的文件，如《招标代理服务收费管理暂行办法》及其修改文件，明确规定了招标代理服务费用原则上由招标人支付，但也允许招标人、招标代理机构与投标人另有约定的，从其约定。这为中标人支付招标代理费提供了政策依据。
《政府采购代理机构管理暂行办法》：
- 该办法规定代理费用可以由中标、成交供应商支付，也可由采购人支付。若由中标、成交供应商支付，则供应商报价应当包含代理费用。这一规定进一步确认了中标人支付招标代理费的合法性，特别是在政府采购项目中。
《中华人民共和国民法典》合同编：
- 合同编允许合同当事人在不违反强制性规定的前提下，就招标代理费的支付进行自由约定。这意味着，如果招标文件、投标文件或后续签订的合同中明确约定了招标代理费由中标人支付，那么该约定具有法律效力。
二、招标合同约定
招标文件规定：
- 招标人在编制招标文件时，应明确规定招标代理费的支付方式、金额及时间等关键条款。如果招标文件规定由中标人支付招标代理费，那么中标人在参与投标时就应知晓并接受这一条件。一旦中标，中标人有义务按照招标文件的规定支付招标代理费。
委托代理合同约定：
- 招标人与招标代理机构签订的委托代理合同中，也可能约定由中标人支付招标代理费。这种约定是双方真实意思的表示，只要不违反法律法规的强制性规定，对各方当事人都具有约束力。
三、实际操作中的注意事项
合法合规性：
- 无论招标代理费由谁支付，都必须严格遵守相关法律法规的规定，确保费用支付的合法性和合规性。例如，不能违反《中华人民共和国招标投标法》中关于公开、公平、公正和诚实信用的原则。
计费标准：
- 招标代理费的计费标准应遵循相关规定和行业标准，并在规定的收费标准和浮动幅度内由招标代理机构和招标委托人协商确定。如果约定由中标人支付，那么计费标准也应在招标文件中明确，并确保合理、公正。
透明性与公平性：
- 招标活动应遵循公平、公正、公开和诚实信用原则。招标代理费的支付安排应在整个招标流程中清晰明确，以保障各方的合法权益。例如，在招标文件中明确招标代理费的支付方式、金额及时间等，避免后续产生纠纷。
四、可能存在的风险及防范
风险：
- 如果招标文件或合同中未明确约定招标代理费的支付方式，或者约定不明确，可能导致后续产生纠纷。例如，中标人可能拒绝支付招标代理费，或者招标人与招标代理机构之间就费用支付产生争议。
防范：
- 为避免上述风险，招标人应在编制招标文件时明确规定招标代理费的支付方式、金额及时间等关键条款。同时，在签订委托代理合同时，也应就招标代理费的支付进行明确约定。此外，招标人还可以考虑在招标文件中设置相应的违约责任条款，以约束中标人按时支付招标代理费。
总结来说，中标人支付招标代理费的依据主要基于招标人与中标人之间的明确约定以及相关法律法规的规定。在实际操作中，应确保这些约定和规定符合法律法规的要求，并遵循透明、公平的原则，以维护招标活动的公正性和各方的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。