关于由中标方承担公证费、招标代理费的依据，主要可以从以下几个方面进行分析：
合同约定优先：
- 在招标文件或中标合同中，如果明确约定了由中标方承担公证费、招标代理费等费用，那么这一约定即具有法律效力，中标方应当按照约定履行。这是基于合同自由原则，即双方当事人在平等自愿的基础上，可以自由约定合同的内容。
行业惯例与交易习惯：
- 在某些行业或地区，可能存在由中标方承担公证费、招标代理费等费用的惯例或交易习惯。如果这种惯例或习惯在招标文件中有所提及，或者双方当事人在合同签订前已经对此有所了解并默认接受，那么也可以视为中标方承担这些费用的依据之一。但需要注意的是，行业惯例或交易习惯不能违反法律法规的强制性规定。
法律法规的间接支持：
- 虽然直接的法律法规可能并未明确规定由中标方承担公证费、招标代理费等费用，但根据《中华人民共和国招标投标法》等相关法律法规的精神，招标投标活动应当遵循公平、公正、公开和诚实信用的原则。如果招标文件或合同中约定由中标方承担这些费用，且该约定不违反法律法规的强制性规定，也不损害国家、集体或第三人的利益，那么这种约定是可以被接受的。
费用承担的合理性分析：
- 从合理性角度来看，中标方作为招标活动的最终受益者，承担一定的费用也是合理的。公证费、招标代理费等费用是招标活动过程中产生的必要费用，中标方作为中标者，享受了招标活动带来的利益，因此承担这些费用也是对其享受利益的一种对价。当然，这种合理性分析需要结合具体的合同约定和实际情况进行。
法律建议：
- 在签订招标文件或中标合同时，双方应当明确约定费用的承担方式和标准，以避免后续产生纠纷。
- 如果招标文件或合同中未明确约定费用承担方式，但双方对此存在争议，可以协商解决或寻求法律途径解决。在协商或诉讼过程中，应当充分考虑合同约定、行业惯例、交易习惯以及法律法规的规定。
- 如果中标方认为承担公证费、招标代理费等费用不合理或违反法律法规的强制性规定，可以拒绝承担并寻求法律帮助。
可能存在的法律后果：
- 如果中标方未按照合同约定承担公证费、招标代理费等费用，可能构成违约行为，需要承担相应的违约责任。
- 如果双方因费用承担问题产生纠纷并诉诸法律途径解决，法院将根据合同约定、行业惯例、交易习惯以及法律法规的规定进行裁决。
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