招标代理收取专家费是否合法，需分情况讨论：
若专家费属于招标代理服务费的一部分，且事先约定并明确告知：
- 合法性分析：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关政策文件，招标代理机构有权依法收取代理费用，并按照委托合同约定进行。若招标代理服务费中包含了专家评审费用，且这一费用在招标文件中事先明确约定，并告知了所有投标人，那么招标代理机构收取该费用是合法的。
- 法律依据：参考《中国招标投标协会关于贯彻<国家发展改革委关于进一步放开建设项目专业服务价格的通知>的指导意见》【中招协(2015)026号】，经事先约定，招标代理服务费可由中标人承担，并应在招标文件中注明。这里的“招标代理服务费”可以理解为包含了招标过程中产生的所有合理费用，包括专家评审费。
若专家费未事先约定或未明确告知，单独收取则可能不合法：
- 非法性分析：如果招标代理机构在招标过程中未事先约定或未明确告知投标人将收取专家评审费用，而在中标后单独向中标人收取，这种行为可能构成违规收费。因为投标人在参与投标时，并未被告知需要承担这一额外费用，从而影响了投标的公平性和透明度。
- 法律后果：招标代理机构可能因此面临行政处罚，如罚款、警告等，并可能损害其声誉和信誉。同时，中标人也有权拒绝支付这一未事先约定的费用，并可能因此引发纠纷。
法律建议：
- 招标人角度：在编制招标文件时，应明确招标代理服务费的收取标准、支付方式及支付主体等关键信息，包括是否包含专家评审费用。确保这些约定不违反法律法规的强制性规定，并充分告知所有投标人。
- 招标代理机构角度：应遵循诚信、公正的原则，合理确定服务费用，并在招标文件中明确告知所有费用项目。避免在中标后单独收取未事先约定的费用，以维护市场秩序和当事人的合法权益。
- 投标人角度：在参与投标时，应仔细阅读招标文件，了解所有费用项目及支付方式。如对费用有疑问或异议，应及时向招标人或招标代理机构提出，并寻求明确答复。
可能引发的法律后果：
- 若招标代理机构违规收取专家费，可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 中标人可能因此拒绝支付费用，并可能引发合同纠纷或诉讼。
- 招标代理机构的声誉和信誉可能因此受损，影响其未来的业务开展。
综上所述，招标代理收取专家费是否合法，取决于是否事先约定并明确告知。为确保合法性和公平性，建议招标人在招标文件中明确所有费用项目及支付方式，并充分告知所有投标人。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。