若招标代理未按照合同收费，您可以采取以下措施来维护自身权益：
核查合同条款：
- 首先，仔细审查您与招标代理签订的合同，特别是关于收费标准、支付方式、违约责任等关键条款。确认招标代理的收费行为是否确实违反了合同约定。
与招标代理协商：
- 如果发现招标代理的收费行为存在问题，您可以先尝试与招标代理进行友好协商，要求其按照合同约定进行收费，并退还多收的费用或补收少收的费用。在协商过程中，保持冷静和理性，明确表达您的诉求和依据。
发送律师函或正式通知：
- 如果协商无果，您可以考虑委托律师向招标代理发送律师函或正式通知，明确指出其违约行为，并要求其立即纠正。律师函或正式通知通常具有更强的法律威慑力，有助于促使招标代理重视并解决问题。
寻求法律救济：
- 提起民事诉讼：如果招标代理仍然拒绝履行合同义务，您可以向人民法院提起民事诉讼，要求招标代理承担违约责任，包括退还多收的费用、赔偿损失等。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明招标代理的违约行为以及您因此遭受的损失。
- 申请仲裁：如果合同中约定了仲裁条款，您也可以选择向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁程序相对灵活且保密性较强，有助于快速解决纠纷。
向相关部门投诉：
- 如果您认为招标代理的收费行为涉嫌违法或违规，您还可以向相关监管部门（如市场监管部门、招投标监管部门等）进行投诉。监管部门在接到投诉后，会依法进行调查处理，并可能对招标代理进行行政处罚。
在采取上述措施时，您需要注意以下几点：
- 保留证据：确保您保存了与招标代理的所有沟通记录、合同文件、付款凭证等证据材料。这些证据在后续协商、诉讼或仲裁过程中将起到至关重要的作用。
- 及时行动：一旦发现招标代理的收费行为存在问题，应尽快采取行动，避免超过诉讼时效或仲裁时效，导致您的权益无法得到保障。
- 寻求专业帮助：如果您对法律程序不熟悉或感到困惑，建议寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼或仲裁等服务，帮助您更好地维护自身权益。
可能面临的法律后果：
- 如果招标代理确实存在违约行为，其可能需要承担退还多收费用、赔偿损失等民事责任。
- 如果招标代理的收费行为涉嫌违法或违规，其还可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
建议您：在处理此类纠纷时，保持冷静和理性，依法维护自身权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。