结论：公司因效益不好进行停工休整是否合法，需结合具体情况判断，包括停工休整的合法性依据、民主程序履行情况以及员工权益保障措施等。仅从“已开会向员工说明且多数员工同意”这一信息来看，尚不能直接断定其完全合法，但若程序合规且内容合法，则具有合法性基础。以下从多个角度详细分析：
一、停工休整的合法性依据
公司经营自主权：公司作为市场主体，享有经营自主权，包括根据市场变化和自身经营状况调整生产计划、安排停工休整等。这是公司正常经营管理的需要，也是市场经济下企业灵活应对市场变化的体现。
法律法规规定：虽然直接的法律条文可能并未明确提及“停工休整”的合法性，但根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司有权在符合法律法规的前提下，与员工协商一致变更劳动合同内容，包括工作时间的调整、工作任务的变更等。停工休整可以视为一种特殊的工作时间调整方式。
二、民主程序履行情况
员工同意的重要性：公司进行停工休整，应当充分尊重员工的意愿，通过民主程序与员工进行协商。从您提供的信息来看，公司已经开会向员工说明情况，且多数员工表示同意，这是履行民主程序的重要体现。
少数员工意见的处理：尽管多数员工同意，但仍有少数员工表示反对。对于这部分员工的意见，公司应当给予充分重视，并尝试通过进一步沟通协商、提供合理补偿等方式来化解分歧。如果公司能够妥善处理少数员工的意见，并确保整个停工休整过程公平、公正、透明，那么其合法性将得到进一步增强。
三、员工权益保障措施
工资福利保障：在停工休整期间，公司应当按照法律法规和劳动合同的约定，保障员工的工资福利不受影响。如果停工休整期间员工不提供正常劳动，公司可以按照不低于当地最低工资标准的百分之八十支付员工生活费（具体比例可能因地区而异，需参照当地规定）。
社会保险缴纳：公司应当继续为员工缴纳社会保险费用，确保员工在停工休整期间的社会保险权益不受损害。
复工安排与通知：公司应当提前制定复工计划，并在停工休整期满前及时通知员工复工。如果因公司原因导致复工时间延迟或无法复工，公司应当承担相应的责任。
四、可能存在的法律风险及应对措施
法律风险：如果公司未经民主程序擅自决定停工休整，或者停工休整期间未保障员工的合法权益（如拖欠工资、停缴社会保险等），则可能面临劳动争议纠纷、行政处罚等法律风险。
应对措施：为避免法律风险，公司应当确保停工休整决定的合法性和合理性，充分履行民主程序，保障员工的合法权益。同时，公司可以制定详细的停工休整方案，明确停工休整的时间、范围、工资福利保障措施等，并与员工签订书面协议或补充协议，以明确双方的权利和义务。
建议：如果您对公司停工休整的合法性仍有疑问，或者担心自身权益受到损害，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。