公司让员工签署两年不生孩子的协议是不合法的，该条款因违反法律法规的强制性规定而无效。以下从多个角度为你详细分析：
一、违反平等就业权与生育权
平等就业权：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国就业促进法》，劳动者享有平等就业的权利，用人单位在招用人员时，不得基于性别等因素对妇女进行歧视。公司要求员工签署两年不生孩子的协议，实质上构成了对女性就业的不合理限制，违反了平等就业的原则。
生育权：生育权是女性的基本人身权利，这一权利不受用人单位规章制度或劳动合同条款的约束。任何试图通过合同条款来限制员工生育权的做法，都因违反法律的强制性规定而归于无效。同时，我国法律也明确规定了夫妻之间的生育权，公司无权剥夺或限制这一基本权利。
二、违反女职工权益保护规定
合同无效性：依据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条的规定，违反法律、行政法规强制性规定的劳动合同无效或者部分无效。公司要求女职工在两年内不能生孩子的条款，显然违反了保护女职工生育权利的相关法律规定，因此这一条款自始无效。
女职工特殊保护：《女职工劳动保护特别规定》第五条明确指出，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动（聘用）合同。这一规定进一步强化了女职工在生育期间的权益保护，确保她们不会因生育而受到不公正对待。
三、女职工应如何维护自身权益
面对公司不合理的生育限制条款，女职工应积极采取措施维护自己的合法权益：
了解法律：首先，女职工需要充分了解相关法律法规，明确自己的权利和义务。这有助于她们在面对公司的不合理要求时，能够做出正确的判断和应对。
收集证据：若公司因女职工生育而采取不利措施，如降薪、调岗等，女职工应及时收集相关证据，如工资条、调岗通知、聊天记录等，以便后续维权。
法律途径维权：当权益受到侵害时，女职工可以通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。具体可依法向劳动争议仲裁机构申请仲裁，或者直接向人民法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
综上所述，公司让员工签署两年不生孩子的协议是不合法的，不仅违反了平等就业权和生育权，还违背了女职工权益保护的相关规定。女职工应当勇敢站出来，通过法律途径维护自己的合法权益。如果你或身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。