单位以打扫卫生不干净为由直接扣工资是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：

法律法规层面

根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位不得无故克扣劳动者工资。工资是劳动者提供劳动服务后应得的报酬，其支付受到法律的严格保护。除非符合法定的扣除情形，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用、法院判决的抚养费或赡养费等，否则任何单位或个人均不得擅自扣减。打扫卫生不干净显然不属于这些法定扣除情形之一，因此单位以此为由扣工资是违法的。

规章制度层面

若用人单位试图通过内部规章制度来规定此类扣款，该规章制度也必须满足严格的法律要求方能有效。具体来说：

1. 内容合法合理：规章制度的内容必须合法合理，不能违反法律法规的强制性规定，且处罚措施要符合公平原则。打扫卫生不干净是否构成“严重违反规章制度”需要具体分析，不能一概而论地作为扣款的依据。
2. 制定程序民主：制定过程需经过民主程序，如职工代表大会讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。如果单位未经过这些程序就擅自制定规章制度并据此扣款，那么该规章制度是无效的。
3. 公示告知：规章制度还需向全体劳动者公示，确保其知晓并理解相关规定。如果单位未将规章制度公示给劳动者，那么劳动者有权拒绝遵守该规章制度中的不合理条款。

实际损失赔偿层面

即使员工因卫生问题给公司造成了实际损失，公司也不能直接扣减工资作为赔偿。正确的做法是通过协商或诉讼的方式来寻求赔偿，且赔偿金额应仅限于弥补实际损失的部分。公司不能随意扩大损失范围或提高赔偿标准。

劳动者维权建议

面对此类不合法的扣款行为，劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：

1. 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行协商，要求其说明扣款的依据并返还不合理扣除的工资。在协商过程中，劳动者可以引用相关法律法规来支持自己的观点。
2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门会对用人单位的工资支付情况进行监督检查，并责令改正违法行为。
3. 申请劳动争议仲裁：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会会根据双方提供的证据和法律法规来作出裁决，维护劳动者的合法权益。
4. 提起诉讼：如果仲裁结果不满意或用人单位不履行仲裁裁决，劳动者还可以向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。

在整个维权过程中，劳动者应注意收集并保存好相关证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录以及与单位关于扣款问题的沟通记录等。这些证据材料将有助于证明自己的权益受到了侵害，并在必要时作为维权的有力支持。

综上所述，单位以打扫卫生不干净为由直接扣工资是不合法的行为。劳动者在面对此类情况时，应依法维护自己的权益，而用人单位也应严格遵守相关法律法规的规定，确保员工的合法权益得到充分保障。如果你还有其他劳动工伤方面的问题，可以直接向我咨询。