结论：公司扣员工两倍工资以惩罚其请假照顾母亲的行为，通常是不合法的。员工有权依法享受请假待遇，且公司不得随意克扣工资。
分析说明：
员工请假权利：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工在符合法定或公司规定的情况下，有权享受请假待遇，如病假、事假等。请假照顾生病的母亲，通常属于合理的事假范畴。
公司扣工资的合法性：
- 公司不得随意克扣员工工资。除非员工存在严重违反公司规章制度或法律法规的行为，且公司规章制度中明确规定了相应的扣罚措施，并经过了民主程序制定且告知了员工，否则公司无权扣罚员工工资。
- 在本案例中，员工请假照顾母亲并不属于严重违反公司规章制度或法律法规的行为，因此公司扣两倍工资的做法缺乏法律依据。
可能的法律后果：
- 如果公司坚持扣罚员工工资，员工有权向当地劳动监察部门投诉，要求公司补发被扣的工资，并可能面临劳动监察部门的处罚。
- 员工还可以选择通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的合法权益，要求公司支付被扣的工资及可能的赔偿金。
建议与行动：
与公司沟通：
- 首先，建议员工与公司进行沟通，明确表达自己的请假原因和公司的扣工资行为的不合理性，要求公司补发被扣的工资。
收集证据：
- 如果沟通无果，员工应收集相关证据，如请假条、工资条、公司规章制度等，以证明自己的请假行为和公司的扣工资行为。
寻求法律帮助：
- 员工可以向我咨询，我会根据具体情况提供进一步的法律建议和帮助，包括如何向劳动监察部门投诉、如何准备劳动仲裁或诉讼等。
后续思考依据：
- 在处理此类劳动纠纷时，关键在于明确员工的请假权利和公司的扣工资行为的合法性。员工应了解自己的合法权益，并在必要时采取法律手段维护自己的权益。
- 公司也应遵守相关法律法规和公司规章制度，不得随意克扣员工工资，以维护良好的劳动关系和公司形象。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。