用人单位在元旦请假扣员工双倍工资的行为通常是不合法的，员工有权要求用人单位纠正并补发工资，若协商不成可通过法律途径维权。以下从不同角度详细分析：
从法定节假日性质角度
元旦属于法定节假日，根据《全国年节及纪念日放假办法》规定，全体公民放假的节日包括元旦（1月1日放假1天）。在法定节假日，员工依法享有休息的权利，用人单位应当按照劳动合同约定的工资标准支付工资，不得以任何理由克扣员工工资。如果员工在元旦当天请假（一般情况下法定节假日已安排放假无需请假，若因特殊情况需额外请假），用人单位扣双倍工资也是没有法律依据的。
从请假制度与工资扣除规定角度
- 一般请假工资扣除规则：对于非法定节假日的请假，用人单位可以根据规章制度扣除相应的工资，但扣除的比例应当合理且符合法律规定。通常来说，事假期间用人单位可以不支付工资，但一般也不会扣除双倍工资；病假工资则按照不低于当地最低工资标准的80%支付。
- 用人单位规章制度的合法性审查：如果用人单位的规章制度中规定了元旦请假扣双倍工资，该规定可能因违反法律法规而无效。根据《劳动合同法》规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，规章制度不得违反法律、法规的规定，否则劳动者有权拒绝执行，并可以向劳动行政部门投诉。
维权途径
- 与用人单位协商：员工可以先与用人单位进行沟通，说明元旦请假扣双倍工资的行为不合法，要求用人单位纠正错误，补发被扣除的工资。在协商过程中，员工可以引用相关的法律法规，增强自己的说服力。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并责令用人单位限期支付被扣除的工资。员工在投诉时，需要提供相关的证据，如劳动合同、工资条、请假记录等。
- 申请劳动仲裁：员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是一种解决劳动争议的法定方式，仲裁裁决具有法律效力。员工在申请劳动仲裁时，需要提交仲裁申请书、相关证据等材料，并按照仲裁委员会的要求参加仲裁活动。
如果遇到元旦请假被扣双倍工资的情况，不要慌张，先与用人单位协商，若协商不成，可以通过向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动法律方面的问题，欢迎随时向我咨询。