在运输合同纠纷中，如果已经赔付了工伤，是否还能继续主张，这主要取决于赔付的具体内容、合同条款以及相关法律法规的规定。以下从几个不同角度进行分析：
工伤赔付与合同纠纷赔付的性质：
- 工伤赔付通常是基于劳动者在工作中遭受的伤害，由用人单位或工伤保险机构根据相关法律法规进行的赔付。这种赔付主要关注的是劳动者的身体健康和劳动能力恢复。
- 合同纠纷赔付则是基于合同双方之间的约定和法律规定，当一方违反合同约定或造成对方损失时，应进行的赔付。这种赔付关注的是合同双方的权益平衡和损失补偿。
已赔付工伤是否影响合同纠纷主张：
- 如果工伤赔付已经全面覆盖了劳动者因工作受伤所遭受的所有损失（包括医疗费、误工费、残疾赔偿金等），并且合同纠纷中的主张与这些损失无直接关联，那么劳动者在合同纠纷中继续主张其他权益可能不会受到太大影响。但需注意，如果合同中有特别约定，如“工伤赔付后，劳动者不得再就同一事件主张其他权益”，则可能受到合同条款的限制。
- 如果工伤赔付并未完全覆盖劳动者的所有损失，或者合同纠纷中的主张与工伤赔付有直接关联（如合同中约定了用人单位需承担额外的赔偿责任），那么劳动者在合同纠纷中继续主张剩余损失或额外赔偿是合理的。
法律法规的考量：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》、《中华人民共和国工伤保险条例》等相关法律法规，劳动者在遭受工伤后有权获得相应的赔付。同时，如果合同纠纷中存在用人单位的违约行为或侵权行为，劳动者也有权根据合同约定或法律规定主张相应的赔偿。
- 需要注意的是，如果劳动者已经通过工伤保险机构获得了工伤赔付，那么在某些情况下（如用人单位已经为劳动者缴纳了工伤保险费），用人单位可能不再承担额外的赔偿责任。但这并不影响劳动者在合同纠纷中就其他违约或侵权行为主张赔偿。
实际操作建议：
- 在处理此类问题时，建议劳动者首先仔细审查合同条款和工伤赔付协议，明确双方的权利和义务以及赔付的范围和限额。
- 如果认为自己在合同纠纷中仍有权主张其他权益，可以收集相关证据（如医疗记录、误工证明、合同文本等）并咨询专业律师的意见。
- 在与用人单位或对方协商或诉讼过程中，保持冷静和理性，明确表达自己的诉求和理由，并依据法律法规和合同条款进行据理力争。
总结来说，在运输合同纠纷中已经赔付了工伤并不意味着劳动者就不能继续主张其他权益。是否可以继续主张取决于赔付的具体内容、合同条款以及相关法律法规的规定。如果劳动者认为自己在合同纠纷中仍有权主张其他权益，建议咨询专业律师并收集相关证据以支持自己的主张。