若运输公司员工已起诉工伤，公司应积极应对，以下是从不同角度给出的分析和建议：
法律程序应对：
- 及时应诉：公司应在收到法院传票后，按照规定的时间和程序提交答辩状，积极参与诉讼过程，避免因未应诉而承担不利法律后果。
- 证据准备：公司应收集并整理与工伤事故相关的证据，如事故现场照片、监控视频、员工医疗记录、工伤认定决定书等，以证明公司已尽到安全保障义务或员工自身存在过错等。
- 法律意见：在诉讼过程中，公司可咨询专业律师，获取法律意见，确保应诉策略的合法性和有效性。
工伤认定与赔偿：
- 工伤认定：若员工已申请工伤认定并获得认定，公司应尊重并接受这一结果。若公司对工伤认定有异议，可在规定时间内申请行政复议或提起行政诉讼。
- 赔偿协商：在诉讼过程中，公司可与员工或其家属进行赔偿协商，尝试达成和解协议，以减少诉讼成本和时间。若协商成功，可向法院申请撤诉或确认和解协议效力。
- 赔偿标准：根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤赔偿包括医疗费、停工留薪期工资、护理费、一次性伤残补助金等。公司应了解并遵守这些规定，确保赔偿的合法性和合理性。
公司内部管理：
- 安全制度：公司应加强安全生产管理，完善安全制度，确保员工在工作过程中的人身安全。这包括提供必要的安全培训、配备安全防护设备、定期检查工作场所安全状况等。
- 事故处理：一旦发生工伤事故，公司应立即启动应急预案，及时救治伤员，并保护好事故现场。同时，公司应积极配合相关部门进行调查，查明事故原因，并采取措施防止类似事故再次发生。
- 员工关怀：公司应关注受伤员工的身心健康，提供必要的心理支持和帮助。在赔偿过程中，公司应保持与员工的良好沟通，确保赔偿的及时性和公正性。
法律风险防范：
- 合同审查：公司应定期审查与员工签订的劳动合同，确保合同条款的合法性和有效性。特别是关于工伤赔偿的条款，应明确双方的权利和义务，避免产生纠纷。
- 保险购买：公司可为员工购买工伤保险或其他商业保险，以分散工伤风险。在发生工伤事故时，保险公司可承担部分或全部赔偿责任，减轻公司的经济负担。
- 法律培训：公司应定期组织员工进行法律培训，提高员工的法律意识和风险防范能力。这有助于减少工伤事故的发生，并在事故发生后及时采取措施保护公司利益。
若公司在应对工伤诉讼过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可直接向我咨询。我将根据公司的具体情况和需求，提供专业、全面的法律服务。