当工人在上班路上发生交通事故并将公司起诉时，公司可以按照以下步骤来妥善处理：
一、初步响应与事故确认
立即了解事故详情：
- 与涉事员工取得联系，确认其安全状况及事故的具体情况，包括时间、地点、原因及初步的责任认定。
- 收集事故现场的照片、视频或目击者证言等初步证据。
提供紧急支持：
- 根据员工需求，协助安排紧急医疗救助或法律援助。
- 如员工需要就医，公司可协助安排交通工具或陪同前往医院。
表达公司关怀：
- 向员工传达公司的关心和慰问，减轻其心理压力，并表明公司将积极处理此事。
二、工伤认定与材料准备
判断工伤条件：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，判断员工的事故是否属于工伤范畴。特别是要确认员工是否在合理时间、合理路线内往返于工作地与住所地等地点，且受到非本人主要责任的交通事故伤害。
协助准备工伤认定材料：
- 指导员工收集并整理相关证据，如交通事故责任认定书、医疗诊断证明、考勤记录等。
- 协助员工填写工伤认定申请表，并确保所有材料的真实性和完整性。
提交工伤认定申请：
- 在规定期限内，将工伤认定申请表及相关材料提交至当地社会保险行政部门。
三、配合调查与落实待遇
配合工伤认定调查：
- 在工伤认定过程中，公司需积极配合社会保险行政部门的调查工作，如实提供相关信息和证据。
落实工伤待遇：
- 若员工被认定为工伤，公司需按照法律规定落实员工的工伤待遇，包括支付停工留薪期工资、协助员工申请工伤保险赔偿等。
- 如公司政策允许，可考虑为员工垫付部分或全部医疗费用，并确保保留好相关票据和凭证以便后续报销或追偿。
四、法律应对与诉讼准备
分析起诉原因与诉求：
- 仔细分析员工的起诉原因和具体诉求，评估公司的法律责任和潜在风险。
准备法律应对：
- 如公司认为自身无责或责任有限，可准备相关证据和法律意见进行抗辩。
- 考虑聘请专业律师提供法律咨询和代理服务，以确保公司的合法权益得到维护。
诉讼准备：
- 如案件进入诉讼程序，公司需准备充分的证据材料，包括事故责任认定书、医疗费用票据、误工证明等。
- 制定诉讼策略，明确答辩要点和反驳意见。
五、后续关怀与制度完善
关注员工康复与复工：
- 定期与员工沟通，了解其康复进展和心理状态，提供必要的心理支持和辅导。
- 根据员工的康复情况和工作能力，制定合理的复工计划，并提供必要的岗位调整或工作适应支持。
完善预防措施与制度：
- 加强员工的交通安全教育，提高安全意识。
- 完善公司的应急预案，明确处理流程和责任人，并定期组织演练。
- 审查并完善现有的工伤管理制度，确保符合法律法规要求，并明确公司在员工上下班途中发生交通事故时的处理职责和流程。
通过以上步骤，公司可以妥善处理员工在上班路上发生交通事故并将公司起诉的情况，既维护了员工的合法权益，也保障了公司的正常运营和法律责任。