结论：工期未满90天，合同中约定扣除3天工资并让员工签字，这一条款的合法性需分情况讨论，不一定合法。以下从不同角度进行分析：

一、合同条款的合法性基础

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者在订立劳动合同时，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。这意味着，合同中的条款应当是双方真实意思的表示，且不得违反法律法规的强制性规定。

2. 工资支付规定：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”以及《工资支付暂行规定》第十五条：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：……（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。”从这些规定可以看出，用人单位克扣工资必须有明确的法律依据，且扣除的工资应当与劳动者应承担的费用或责任相对应。

二、合同条款的具体分析

1. 扣除工资的理由：如果合同中仅笼统地规定“工期不到扣除3天工资”，而没有明确说明扣除工资的具体理由（如劳动者违约、造成损失等），则这一条款可能缺乏合法性基础。因为根据法律规定，用人单位不得无故克扣劳动者工资。

2. 员工签字的影响：员工在合同上签字，通常表示其同意合同中的条款。然而，这并不意味着所有条款都必然合法有效。如果合同中的条款违反了法律法规的强制性规定，即使员工签字，该条款也可能被认定为无效。

三、可能的情况与建议

1. 如果扣除工资的理由合法且合理：例如，劳动者确实存在违约行为或给用人单位造成了损失，且扣除的工资与损失相当，那么这一条款可能在一定程度上具有合法性。但即便如此，用人单位也应当确保扣除工资的程序合法，如提前告知劳动者、提供充分的证据等。

2. 如果扣除工资的理由不合法或不合理：或者扣除的工资与劳动者的违约行为或造成的损失不相称，那么这一条款可能被认定为无效。在这种情况下，劳动者有权要求用人单位支付被扣除的工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

建议：

• 对于劳动者而言，如果认为合同中的扣除工资条款不合法或不合理，可以拒绝签字或要求用人单位进行修改。如果已经签字且发现条款存在问题，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
• 对于用人单位而言，在制定合同时应当确保条款的合法性和合理性，避免使用模糊或笼统的表述。如果确实需要扣除劳动者工资，应当明确扣除的理由和金额，并确保程序合法。

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