结论：单位多年后仍配合仲裁为员工补缴社保，在符合法定情形下是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

从法律义务角度

根据我国相关法律法规，用人单位有为员工缴纳社会保险的法定义务，这一义务并不因员工离职而当然免除。如果员工在离职后发现单位存在未依法为其缴纳社保的情况，有权向劳动仲裁机构申请仲裁，要求单位补缴。在这种情况下，单位配合仲裁为员工补缴社保，是履行其法定义务的表现，是合法且应当的。

例如，《中华人民共和国社会保险法》明确规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。如果单位在员工在职期间未履行该义务，即便员工已经离职多年，单位仍有责任在仲裁裁决后为员工补缴。

从仲裁时效角度

虽然单位有补缴社保的义务，但劳动仲裁也存在时效限制。一般来说，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。不过，在社保补缴问题上，存在一些特殊情况。

如果员工在离职后多年才发现单位未依法缴纳社保，且能够证明自己在离职后一直在积极主张权利，或者存在不可抗力等导致仲裁时效中止、中断的情形，那么仲裁机构仍可能受理员工的仲裁申请，并裁决单位补缴社保。此时单位配合仲裁补缴社保就是合法的。

但如果员工在离职多年后提出仲裁申请，且不存在时效中止、中断的合法事由，仲裁机构可能会以超过仲裁时效为由不予受理。不过，这并不影响社保征收机构依据相关法律法规，责令单位为员工补缴社保。在这种情况下，单位配合社保征收机构的行政要求为员工补缴社保，同样是合法的。

从单位自身利益角度

从单位自身利益考量，配合仲裁为员工补缴社保也有其积极意义。一方面，这有助于单位避免因拒不履行补缴义务而面临更严重的法律后果，如被社保征收机构加收滞纳金、处以罚款等。另一方面，积极履行补缴义务也有利于维护单位的良好形象和声誉，避免因社保纠纷引发不必要的劳动争议和社会舆论压力。

如果单位对于是否需要配合仲裁补缴社保存在疑问，或者在实际操作过程中遇到问题，都可以随时向我咨询，我会为你提供详细、专业的解答。