针对您提出的“离职两年多了还能申请仲裁确认劳动关系补缴社保吗”这一问题，以下是我的详细解答：
一、关于社保补缴
社保补缴的负责机构：
- 社保补缴事宜通常不由劳动仲裁机构直接处理，而是由社保管理部门（如社会保险费征收机构）负责。根据《中华人民共和国社会保险法》，用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，社保管理部门有权责令其限期缴纳或补足。
社保补缴的时效性：
- 法律上并未明确规定用人单位补缴社保的时效限制。但在实际操作中，部分地区社保部门可能会受到两年查处时效的限制，这是基于《劳动保障监察条例》第二十条的规定，即违反劳动保障法律、法规或规章的行为在两年内未被发现或举报的，劳动保障行政部门将不再查处。不过，这一限制并不绝对，具体还需根据当地社保部门的政策和实践来确定。
二、关于确认劳动关系及主张经济补偿的仲裁时效
一般仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，如果您离职已超过一年，且不存在时效中断或中止的情形，那么您主张确认劳动关系或因未缴纳社保而离职的经济补偿的请求，可能无法得到仲裁委的支持。
例外情形：
- 尽管存在一般仲裁时效，但也有一些例外情形可以延长或中断仲裁时效。例如：
- 如果劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬（包括社保待遇）发生争议，不受一年仲裁时效期间的限制。但需要注意的是，这里的“劳动报酬”通常指的是工资等直接经济报酬，而社保待遇是否完全等同于劳动报酬，在司法实践中可能存在争议。
- 如果您或用人单位通过协商、申请调解等方式向对方主张权利，或者对方同意履行义务，仲裁时效会中断，并从中断时起重新计算。
- 如果因不可抗力或有其他正当理由导致您不能在规定的仲裁时效期间内申请仲裁，仲裁时效会中止，从中止时效的原因消除之日起继续计算。
- 劳动关系终止后，您应自劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请。但这一规定主要针对的是劳动关系终止后的相关争议，如经济补偿、赔偿金等，对于社保补缴的时效性可能影响有限。
三、结论与建议
- 鉴于您已离职两年多，且社保补缴和确认劳动关系及主张经济补偿的仲裁时效问题较为复杂，我建议您在决定申请仲裁前，先咨询当地的法律专业人士（如律师或法律援助机构），以评估您的具体情况是否适合申请劳动仲裁。
- 如果法律专业人士认为您的申请有胜诉的可能，那么您应尽快准备相关证据材料（如劳动合同、工资单、社保缴纳记录等），并按照当地劳动仲裁机构的流程和要求提交仲裁申请。
- 同时，您也可以考虑向社保管理部门咨询社保补缴的具体政策和流程，看是否有可能通过行政途径解决社保补缴问题。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。