食品抽检不合格时，立案并不需要等待复检期限结束。以下是详细解释和相关流程说明：
一、立案与复检的关系
立案的独立性：立案是市场监管部门对涉嫌违法的行为进行初步审查后，决定启动正式调查程序的行为。它并不依赖于复检的结果，而是基于初检的结论和初步调查的情况。因此，即使食品生产经营者对初检结论有异议并申请复检，市场监管部门仍然可以在复检期限内决定立案。
复检的权利与期限：根据《食品安全法》及《食品安全抽样检验管理办法》，食品生产经营者对监督抽检的检验结论有异议时，有权在收到检验结论之日起7个工作日内提出复检申请。然而，这一复检申请并不影响市场监管部门对违法行为的立案调查。
二、复检流程与立案的并行处理
复检申请的提交：食品生产经营者在收到初检不合格结论后，若认为有异议，应及时向实施抽样检验的市场监管部门或其上一级部门提交书面复检申请，并附上相关材料。
立案的同步进行：在复检申请提交的同时或之后，市场监管部门可以根据初检结论和初步调查情况，决定是否对涉嫌违法的行为进行立案。立案后，市场监管部门将依法展开调查，包括收集证据、询问当事人等。
复检结果的影响：复检结果将作为最终检验结论，对案件的后续处理产生重要影响。如果复检结论与初检一致，市场监管部门将依法对食品生产经营者进行处罚；如果复检结论与初检不一致，市场监管部门将根据复检结论调整案件处理方式。
三、法律建议与注意事项
及时申请复检：食品生产经营者在收到初检不合格结论后，若认为有异议，应及时在规定期限内提出复检申请，以维护自身合法权益。
配合立案调查：即使提出了复检申请，食品生产经营者也应积极配合市场监管部门的立案调查工作，提供必要的证据和资料。
关注复检结果：复检结果将直接影响案件的后续处理，因此食品生产经营者应密切关注复检进展和结果，以便及时采取应对措施。
寻求专业帮助：在处理食品抽检不合格和立案调查等法律问题时，食品生产经营者可以寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。
综上所述，食品抽检不合格时，立案并不需要等待复检期限结束。市场监管部门可以根据初检结论和初步调查情况决定立案，并在立案后依法展开调查。食品生产经营者应及时申请复检并配合立案调查工作，同时关注复检结果并寻求专业帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。