关于“到手工资5000元，社保基数也为5000元是否合法”的问题，这确实是一个涉及社保政策和员工权益的重要议题。下面，我将结合具体的法律法规和地方社保政策，为您进行详细分析。
首先，我们需要明确社保缴费基数的确定原则。社保缴费基数通常是根据职工上一年度月平均工资来确定的，并且这个基数会受到当地社保政策规定的上下限的限制。具体来说：
- 如果职工工资收入高于当地上年度职工平均工资的300%，那么缴费基数将按照该平均工资的300%来设定，即上限。
- 如果职工工资收入低于当地上年度职工平均工资的一定比例（如60%，这个比例可能因地区而异），那么缴费基数将按照该比例的平均工资来设定，即下限，也就是最低缴费基数。
- 如果职工工资在上述上下限之间，那么社保缴费基数将按照职工的实际工资收入来确定。
接下来，我们根据这些原则来分析您的情况：
合法情况：
- 如果您的实际工资确实是5000元，并且这个数额不低于当地社保政策规定的最低缴纳基数，那么企业按照5000元作为社保缴费基数是合法的。
- 另外，如果当地社保缴费基数的下限高于5000元（比如是5500元），那么即使您的工资是5000元，企业也必须按照最低缴费基数（如5500元）来为您缴纳社保，这种情况下也是合法的。
不合法情况：
- 如果您的实际工资是5000元，但当地社保缴费基数的下限低于5000元（比如是3800元），而企业却选择按照最低缴费基数（如3800元）而非您的实际工资（5000元）来缴纳社保，那么这种做法是不合法的。因为它违反了社保政策的规定，损害了您的权益。
- 同样，如果5000元并非您的实际工资，而是企业为了降低社保成本而人为设定的一个数额，并且这个数额低于您的实际工资和当地规定的最低缴纳基数，那么这种做法也是不合法的。
为了保护自己的权益，我建议您采取以下措施：
- 及时了解当地的社保政策和规定，特别是关于社保缴费基数的上下限。
- 关注自己的社保缴纳情况，确保企业是按照您的实际工资和当地规定的缴费基数来为您缴纳社保的。
- 如果发现异常，比如企业未按照规定为您足额缴纳社保，您可以向当地社保经办机构或劳动监察部门反映和投诉，以维护自己的合法权益。
综上所述，以5000元工资作为社保缴纳基数的合法性取决于您的实际工资情况、当地社保政策规定的缴费基数上下限以及企业的具体操作。为了确保自己的权益不受损害，我建议您密切关注自己的社保缴纳情况，并在必要时寻求相关部门的帮助。