结论：工资200元但社保基数5000元，这种情形是否合法不能一概而论，需要分情况讨论。

1. 从社保缴费基数确定规则看
   • 根据相关规定，社保缴费基数一般是根据职工上一年度月平均工资性收入来确定。如果职工上一年度月平均工资性收入低于当地社保缴费基数下限的，按照下限作为缴费基数；高于当地社保缴费基数上限的，按照上限作为缴费基数；在上下限之间的，按照实际工资作为缴费基数。
   • 若当地社保缴费基数下限为5000元，而该职工工资200元是因为特殊情况，比如当月请了长期病假、事假等导致工资大幅降低，但其上一年度月平均工资性收入高于5000元，那么按照规定以5000元作为社保缴费基数是合法的。
   • 若当地社保缴费基数下限低于5000元，而职工工资200元明显低于其正常工资水平，且不存在上述特殊情况，此时将社保缴费基数定为5000元就不符合按照实际工资确定缴费基数的原则，可能存在不合法的情况。
2. 从是否存在规避社保缴费义务角度看
   • 如果用人单位故意将职工工资申报为200元，而将社保缴费基数提高到5000元，目的是为了减少单位应承担的社保缴费比例对应的金额（因为社保缴费中单位承担一部分，这部分金额与缴费基数相关），同时又不影响职工表面上的工资收入（可能通过其他非工资形式发放收入），这种行为属于规避社保缴费义务，是不合法的。
   • 例如，单位正常应按照职工实际工资8000元缴纳社保，但为了减少单位缴费支出，将工资申报为200元，缴费基数定为5000元，这样单位按照5000元的一定比例缴纳社保，比按照8000元缴纳要少交不少费用，这就损害了职工的社保权益，违反了相关法律法规。

建议：如果遇到这种情况，职工可以先与用人单位沟通了解社保缴费基数确定的依据和原因。如果认为用人单位的行为不合法，可以向当地社保经办机构反映情况，由社保经办机构进行调查核实。要是还有其他疑问，欢迎继续向我咨询。