行政诉讼中，被告自查自纠撤销行政行为后，法院通常不确认违法，这主要基于以下几个方面的考虑：

1. 行政行为已失去撤销的实际意义：

   • 当被告（行政机关）在诉讼过程中自行撤销了原违法行政行为，且该行为已经执行完毕或其性质决定了无法通过撤销来恢复原状时，法院再判决撤销该行为已无实际意义。例如，在违法建筑拆除案件中，如果房子已经被拆除，法院无法撤销强制拆除行为，此时若行政机关已自行纠正，法院通常不会确认原行为违法，因为撤销已无可能，且确认违法可能无法带来额外的法律效果。

2. 原告权益已得到实际救济：

   • 如果被告自查自纠撤销行政行为后，原告的权益已经得到了实际救济，比如行政机关撤销了错误的处罚决定，并恢复了原告的名誉或财产权益，那么法院再确认原行为违法可能就显得多余。因为确认违法的目的之一是为了保护原告的合法权益，既然权益已经得到救济，再确认违法就失去了其主要的法律意义。

3. 鼓励行政机关自我纠错：

   • 法律鼓励行政机关在发现错误后主动纠正，这有助于提高行政效率，减少诉讼成本，并维护行政机关的公信力。如果行政机关在诉讼过程中自行撤销了违法行政行为，且没有给原告造成实际损失或损失已经得到弥补，法院通常不会确认原行为违法，以鼓励行政机关积极自我纠错。

4. 特定情形下的例外：

   • 当然，也存在一些例外情况。如果被告虽然撤销了原违法行政行为，但原告仍坚持要求确认原行为违法，且法院认为确认违法有助于明确法律责任、保护原告合法权益或监督行政机关依法行政时，法院可能会判决确认原行政行为违法。例如，行政机关对某企业作出了错误的行政处罚决定，后在诉讼中自行撤销了该决定，但企业认为原处罚严重损害了其声誉，坚持要求法院确认原处罚行为违法，此时法院可能会依法作出确认违法的判决。

法律建议：

• 对于行政机关而言，应加强内部监督机制，及时发现并纠正错误的行政行为，以减少诉讼风险和维护公信力。
• 对于公民或企业而言，如果认为行政机关的行政行为违法且给自己造成了损失，应及时向行政机关提出异议或申请行政复议、提起行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。如果行政机关在诉讼过程中自行撤销了违法行政行为，且自己的权益已经得到实际救济，可以考虑是否还有必要坚持要求法院确认原行为违法。

可能法律后果：

• 如果法院判决确认行政行为违法，行政机关可能需要承担相应的法律责任，如赔偿原告的损失等。
• 如果法院不确认行政行为违法，而行政机关已经自行纠正了错误，那么通常不会产生额外的法律后果，但行政机关应从中吸取教训，加强内部管理，防止类似错误再次发生。

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