在劳动纠纷进入法院起诉阶段时，关于社保的处理，这通常涉及几个关键方面，我会结合您提供的参考信息，为您详细解答：
一、劳动关系存续期间的社保处理
用人单位代缴社保个人部分：
- 在劳动关系存续期间，如果用人单位已经为劳动者代缴了其个人应当承担的社会保险费用，这部分费用在计算欠付工资时应当予以扣除。这是基于《工资支付暂行规定》第十五条第二项的规定，用人单位可以代扣代缴应由劳动者个人负担的各项社会保险费用。
社保缴纳的合法性：
- 用人单位与劳动者约定或者劳动者向用人单位承诺不缴纳社会保险费的，该约定或者承诺无效。这是根据最高人民法院发布的劳动争议案件司法解释中的明确规定，旨在保护劳动者的合法权益，确保社保缴纳的合法性。
二、劳动关系解除后的社保处理
多缴社保的退费问题：
- 如果劳动者离职后，用人单位仍为其缴纳了社会保险费用，这部分费用发生于劳动关系解除后，并非履行劳动合同引发，因此不属于劳动争议受理范围。用人单位应当向社会保险费征收机构申请办理退费。如果社会保险费征收机构不予办理退费，用人单位可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
社保关系的转移：
- 劳动关系解除后，劳动者应当及时办理社保关系的转移手续，确保自己的社保权益不受影响。这通常涉及将社保关系从原用人单位转移至新用人单位或个人账户。
三、法院起诉阶段的社保相关诉讼
诉讼请求的合并审理：
- 如果劳动者在仲裁请求中已经包含了用人单位支付欠付工资（其中可能涉及社保个人部分的扣除），且该请求与讼争的劳动争议具有不可分性，法院在受理劳动争议案件后应当合并审理。
独立劳动争议的处理：
- 如果劳动者或用人单位提出的关于社保的诉讼请求属于独立的劳动争议，如要求确认社保缴纳的合法性、要求用人单位补缴社保等，法院应当告知当事人向劳动争议仲裁机构申请仲裁，因为这类争议通常需要先经过仲裁前置程序。
四、实际操作建议
保留相关证据：
- 在处理劳动纠纷时，无论是劳动者还是用人单位，都应当保留好与社保缴纳相关的证据，如社保缴纳记录、工资条、劳动合同等，以便在法院起诉阶段提供有力的证据支持。
咨询专业律师：
- 由于社保问题涉及复杂的法律法规和政策规定，建议在处理劳动纠纷时咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保护。
综上所述，劳动纠纷在法院起诉阶段关于社保的处理涉及多个方面，包括劳动关系存续期间的社保缴纳、劳动关系解除后的社保退费和转移、以及法院起诉阶段的社保相关诉讼等。希望这些解答能够帮助您更好地理解和处理相关问题。