针对您提出的“法院起诉公司社保怎么处理”的问题，这通常涉及到劳动者与用人单位之间因社会保险缴纳而产生的争议。以下是我为您提供的详细解答：
一、社保争议的基本类型
社保争议主要分为两类：一是用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费；二是用人单位在劳动关系存续期间或解除后，对社保费用的处理存在争议，如代缴、多缴或欠缴等。
二、用人单位未缴纳社保的处理
劳动者自行缴纳后的维权：
- 若用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费，劳动者在自行缴纳后，有权向用人单位主张该部分损失。
- 劳动者需先通过劳动仲裁前置程序，对争议进行初步裁决。
- 若对仲裁结果不满，劳动者可向法院提起诉讼，要求用人单位赔偿其自行缴纳的社会保险费损失。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第七十二条，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十条，用人单位违反法律、法规规定，给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
三、社保费用处理争议的处理
劳动关系存续期间的社保费用：
- 若用人单位在劳动关系存续期间代缴了劳动者个人应承担的社会保险费用，这部分费用通常应从劳动者的欠付工资中扣除（若劳动者存在欠付工资的情况）。
- 双方可协商解决，若协商不成，可通过劳动仲裁或法院诉讼途径解决。
劳动关系解除后的社保费用：
- 若用人单位在劳动关系解除后仍为劳动者缴纳社会保险费，这部分费用不属于劳动争议受理范围。
- 用人单位应向社会保险费征收机构申请办理退费。若社会保险费征收机构不予办理退费，用人单位可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
法律依据：
- 根据《工资支付暂行规定》第十五条第二项，用人单位可以代扣劳动者工资中应由劳动者个人负担的各项社会保险费用。
- 根据相关司法解释和劳动争议调解仲裁法，社会保险费的缴纳是社会保险征收部门与缴纳义务主体之间的行政关系，不属于劳动争议当事人之间的民事关系（除劳动关系存续期间的社保费用扣除争议外）。
四、具体操作建议
收集证据：
- 劳动者应收集与社保争议相关的证据，如劳动合同、工资单、社保缴纳记录等。
协商与调解：
劳动仲裁：
法院诉讼：
五、案例参考
- 案例一：某公司诉吕某劳动争议纠纷案中，法院认定劳动关系存续期间公司代缴的社保费用应从欠付工资中扣除；劳动关系解除后公司多缴的社保费用应通过相关行政管理部门处理。
- 案例二：李某某诉浙江某公司社会保险纠纷案中，法院判决公司赔偿李某某自行缴纳的社会保险费损失。
综上所述，针对社保争议的处理，劳动者应首先了解相关法律法规和政策规定，收集相关证据，通过协商、调解、劳动仲裁或法院诉讼等途径维护自己的合法权益。希望以上解答能对您有所帮助。