当社保中心起诉公司时，这通常意味着公司存在未按规定为员工缴纳社会保险费的情况，且经过社保中心的核查与通知后，公司仍未履行相应的补缴义务。针对这种情况，公司可以按照以下步骤来处理：
一、了解起诉原因与具体情况
首先，公司需要详细了解社保中心起诉的具体原因，包括未缴纳社会保险费的员工姓名、时间段、应缴纳的社保费用金额等。这通常可以通过接收社保中心送达的稽核意见书或相关法律文书来获取。
二、核实情况与准备材料
在了解起诉原因后，公司应核实自身是否存在未按规定缴纳社会保险费的情况。如果确实存在，公司需要准备相关材料，如员工工资单、社保缴纳记录等，以证明公司的缴费情况或解释未缴费的原因（如员工自愿放弃、公司经济困难等，但需注意，员工自愿放弃社保并不免除公司的法定缴费义务）。
三、与社保中心沟通协商
在准备材料的同时，公司可以主动与社保中心进行沟通协商，尝试达成和解。公司可以提出补缴社保费用的具体方案，如补缴的时间、金额、方式等，并争取社保中心的谅解与支持。如果双方能够达成一致，可以签订和解协议，避免进一步的法律纠纷。
四、应对法律程序
如果协商不成或社保中心坚持起诉，公司需要积极应对法律程序。这包括：
接收法律文书：确保及时接收法院送达的起诉状、应诉通知书等法律文书，并了解起诉的具体内容、要求等。
准备应诉材料：根据起诉状的内容，准备相应的应诉材料，如答辩状、证据材料等。在答辩状中，公司可以阐述自己的观点、理由和证据，以反驳社保中心的起诉。
参加庭审：按照法院的通知，按时参加庭审。在庭审中，公司应尊重法庭纪律，如实陈述事实，提供证据，并接受法庭的询问和质证。
遵守判决结果：如果法院作出判决，公司应遵守判决结果，及时履行补缴社保费用的义务。如果公司对判决结果不服，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。
五、加强内部管理
为了避免类似情况的再次发生，公司应加强内部管理，完善社保缴纳制度。这包括：
建立社保缴纳台账：记录员工的社保缴纳情况，包括缴纳时间、金额、方式等，以便随时查询和核对。
定期自查自纠：定期对公司的社保缴纳情况进行自查自纠，及时发现并纠正存在的问题。
加强员工培训：加强对员工的社保政策培训，提高员工的社保意识，确保员工了解并遵守公司的社保缴纳制度。
综上所述，当社保中心起诉公司时，公司应积极应对，了解起诉原因与具体情况，核实情况与准备材料，与社保中心沟通协商，应对法律程序，并加强内部管理以避免类似情况的再次发生。