结论：公司扣全部绩效工资，仅按基本工资的80%发放病假工资的做法，一般是有问题的，但具体是否合法需结合劳动合同、公司规章制度以及地方性规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 病假工资的法定标准

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及《劳动部关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》，病假工资的发放需遵循以下原则：

• 最低标准：病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%（具体比例可能因地方规定而异，需以当地政策为准）。
• 工资构成：病假工资通常以劳动者正常工作时间的工资为基数计算，而非仅基本工资。若劳动合同或公司规章制度明确约定绩效工资属于正常工资的一部分，则公司无权全额扣除。

示例：
若您的月工资由基本工资3000元+绩效工资2000元构成，且绩效工资属于固定发放部分，则病假工资基数应为5000元。公司仅按基本工资的80%（即2400元）发放，可能低于法定标准。

2. 公司规章制度的合法性

公司扣除绩效工资的合法性需满足以下条件：

• 程序合法：规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并已向劳动者公示或告知。
• 内容合法：规章制度中关于病假工资的规定不得违反法律强制性规定（如低于最低工资标准80%）。

若公司规章制度未履行上述程序，或内容违法，则扣除绩效工资的行为无效。

3. 地方性规定的差异

部分地区对病假工资有更详细的规定，例如：

• 上海：根据《上海市劳动保障局关于病假工资计算的公告》，连续工龄不满2年的，病假工资按本人工资的60%计发；满2年不满4年的，按70%计发；满4年不满6年的，按80%计发；以此类推，但不得低于最低工资标准的80%。
• 北京：病假工资不得低于最低工资标准的80%，且需以劳动合同约定的工资标准为基数。

建议：查询您所在地区的具体规定，以确认公司行为是否合规。

4. 您的应对建议

1. 核查劳动合同与规章制度：确认绩效工资是否属于正常工资的一部分，以及公司扣除绩效工资的依据是否合法。
2. 与公司协商：向公司人力资源部门提出异议，要求按法定标准补发病假工资。
3. 投诉或仲裁：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，主张公司支付差额工资及可能的赔偿金。

5. 可能的法律后果

若公司行为被认定为违法，可能面临以下后果：

• 补发工资：需按法定标准补发您病假期间的工资差额。
• 行政处罚：劳动监察部门可对公司处以警告、罚款等处罚。
• 赔偿金：若因公司违法行为导致您解除劳动合同，您可能主张经济补偿金。

总结：公司扣除全部绩效工资的做法可能违法，但需结合具体情况判断。建议您先核查劳动合同和公司规章制度，再与公司协商或通过法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询。