结论：公司病假按天扣绩效工资时，周末是否计算在内，主要取决于公司的规章制度以及劳动合同中的具体约定。若规章制度或合同中未明确说明，则需结合相关法律法规及实践中的一般做法进行综合判断。
分析角度一：公司规章制度与劳动合同约定
规章制度明确：如果公司的规章制度中明确规定了病假期间绩效工资的扣除方式，并且明确指出周末是否计算在内，那么应当遵循该规定。例如，若规章制度中说明“病假期间，按实际请假天数扣除绩效工资，周末不计入”，则周末不应被扣除绩效工资。
劳动合同约定：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中对于病假期间绩效工资的扣除有具体约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应当按照劳动合同的约定执行。
分析角度二：相关法律法规及实践做法
法律法规：目前，我国并没有明确的法律法规规定病假期间绩效工资的扣除方式，特别是关于周末是否计算在内的问题。因此，这一问题的解决主要依赖于公司的规章制度和劳动合同的约定。
实践做法：在实践中，不同公司对于病假期间绩效工资的扣除方式可能存在差异。一些公司可能会将周末计入病假天数，从而扣除相应的绩效工资；而另一些公司则可能选择不计入周末，或者采用其他更为复杂的计算方式。这种差异主要取决于公司的管理策略、行业惯例以及员工福利政策等因素。
建议与注意事项：
查阅规章制度与合同：作为劳动者，首先应当查阅公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于病假期间绩效工资扣除的具体规定。
与公司沟通：如果对于规章制度或合同中的规定存在疑问或不明确之处，建议与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，以获取更准确的解释和说明。
维护自身权益：如果认为公司的病假工资扣除方式存在不合理或违法之处，劳动者有权向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自身的合法权益。
特殊情况说明：
如果公司规章制度或劳动合同中的规定违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），那么这些规定将被视为无效，劳动者有权要求公司按照法律法规的规定执行。
在某些特殊情况下（如长期病假、重大疾病等），公司可能会根据实际情况对病假工资的扣除方式进行调整或给予额外的福利政策。这种情况下，劳动者应当与公司进行充分沟通并了解相关政策。
总之，公司病假按天扣绩效工资时周末是否计算在内，需结合公司的规章制度、劳动合同以及相关法律法规进行综合判断。如有任何疑问或不明确之处，建议及时与公司沟通或寻求专业法律意见。