您好，关于您提出的“工厂扣个人社保是否合法”的问题，我可以为您详细解答。
首先，根据《中华人民共和国劳动法》第七十二条的规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，并缴纳社会保险费。这意味着，从法律层面，工厂和员工都有义务参与社会保险的缴纳。
其次，关于社保费用的缴纳方式，《社会保险费征缴暂行条例》第十二条第二款明确指出，缴费个人应当缴纳的社会保险费，由所在单位从其本人工资中代扣代缴。这一规定为工厂从员工工资中扣除个人应缴纳的社保费用提供了法律依据。
然而，在具体操作中，工厂需要注意以下几点以确保合法合规：
工资标准与扣除后的工资：根据《最低工资规定》第十二条第一款，工厂在支付员工工资时，应确保在剔除延长工作时间工资、特殊工作环境条件下的津贴以及法律、法规和国家规定的劳动者福利待遇等后，员工实际到手的工资不得低于当地最低工资标准。这意味着，虽然工厂可以从员工工资中扣除社保个人缴费部分，但扣除后的工资仍需满足最低工资标准的要求。
社保缴纳的属地管理：工厂应确保在员工的社会保险登记地为其缴纳社保费用。如果工厂与员工签订了劳动合同，则社会保险应以工厂名义缴纳，且应遵循属地管理原则，即开户和缴费单位应当是“用人单位”，也就是与劳动者建立劳动关系的工厂。
避免违法代缴：工厂应避免通过第三方机构以非劳动关系的方式为员工代缴社保，这种行为可能违反相关法律法规，并面临法律风险。
综上所述，工厂从员工工资中扣除个人应缴纳的社保费用是合法的，但必须确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准，并遵循社保缴纳的属地管理原则。如果工厂在操作过程中有任何疑问或需要进一步的法律指导，建议咨询专业的法律机构或当地社保部门。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。