结论：员工在工伤后休息期间，公司以病假扣除工资的做法是不合法的，员工不能以此为由自动离职，但可以通过合法途径维护自己的权益。

详细分析：

1. 工伤期间的工资待遇：

   • 根据《工伤保险条例》的相关规定，员工在工伤期间，即停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，在工伤休息期间，员工应享受与正常工作期间相同的工资待遇，公司不得以任何理由扣除或降低。

2. 公司行为的违法性：

   • 公司以病假扣除工伤员工工资的做法，明显违反了《工伤保险条例》的规定。病假与工伤假在性质上是不同的，病假通常是由于员工个人疾病或非因工负伤导致的休假，而工伤假则是由于工作原因导致的伤害或职业病所需的休假。因此，公司不能将工伤假视为病假来处理。

3. 员工的权益维护：

   • 员工在发现公司以病假扣除工伤工资后，应首先与公司进行沟通，明确指出公司的行为违法，并要求公司立即纠正。
   • 如果公司拒绝纠正，员工可以向当地劳动监察部门投诉，寻求行政部门的帮助和支持。
   • 同时，员工也可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼。

4. 关于自动离职的问题：

   • 自动离职通常指的是员工在未与公司协商一致的情况下，擅自离开工作岗位的行为。这种行为可能会给员工带来一定的法律风险，如被公司追究违约责任或影响未来的就业等。
   • 在本案例中，员工不能因为公司以病假扣除工伤工资就选择自动离职。相反，员工应该通过合法途径来维护自己的权益，如与公司协商、投诉或申请劳动仲裁等。

建议与行动：

• 与公司沟通：首先尝试与公司进行友好沟通，明确指出公司的行为违法，并要求公司立即纠正并补发工资。
• 寻求劳动监察部门的帮助：如果公司拒绝纠正，可以向当地劳动监察部门投诉，并提供相关证据（如工伤认定书、工资条等）以支持自己的主张。
• 考虑法律途径：如果劳动监察部门的介入未能解决问题，员工可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼。在此过程中，建议员工咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

总之，员工在工伤后休息期间应享受与正常工作期间相同的工资待遇，公司不得以病假扣除工资。如果公司违反了这一规定，员工应通过合法途径来维护自己的权益，而不是选择自动离职。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。