结论：总公司与分公司多家公司发工资是否违法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
合法情形：
- 劳动关系明确且工资支付合理：如果劳动者与其中一家公司（如总公司或分公司）建立了明确的劳动关系，且工资支付是基于该劳动关系下的合理报酬，而其他公司（如关联公司或集团内其他企业）因特定原因（如代发工资、项目合作等）也支付了部分费用，但这些费用有明确的合同或协议依据，且不违反劳动法律法规的强制性规定，那么这种支付方式通常是合法的。
- 非全日制员工或特殊用工形式：对于非全日制员工或采用特殊用工形式（如劳务派遣、共享用工等）的劳动者，其工资可能由多个主体支付，只要符合相关法律法规的规定，也是合法的。
违法情形：
- 逃避劳动法律义务：如果多家公司发工资是为了逃避劳动法律义务，如规避社会保险缴纳、最低工资标准、加班工资支付等，那么这种行为是违法的。例如，通过分散支付工资的方式，使得每家公司的支付金额都低于最低工资标准，从而逃避最低工资保障义务。
- 虚构劳动关系或骗取待遇：如果多家公司发工资是基于虚构的劳动关系或为了骗取社会保险待遇、工伤待遇等，那么这种行为也是违法的。这不仅损害了劳动者的合法权益，也破坏了社会保险制度的公平性和可持续性。
法律建议：
- 审查劳动关系：首先，要明确劳动者与哪家公司建立了劳动关系，这是判断工资支付是否合法的基础。
- 核对工资支付记录：劳动者应仔细核对工资支付记录，确保每笔支付都有明确的依据和合理的解释。
- 咨询专业律师：如果劳动者对工资支付方式存在疑问或担忧，建议及时咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律风险。
可能后果：
- 合法情形下的后果：如果工资支付方式合法，那么劳动者应享受相应的劳动权益，如社会保险缴纳、最低工资保障等。
- 违法情形下的后果：如果工资支付方式违法，劳动者可能面临权益受损的风险，如社会保险未缴纳、工资低于最低标准等。同时，相关公司也可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
举例说明：
假设劳动者与总公司签订了劳动合同，但工资由总公司和分公司共同支付。如果这种支付方式是基于合理的项目合作或代发工资协议，且劳动者的总工资不低于最低工资标准，且社会保险等福利待遇也得到了保障，那么这种支付方式就是合法的。反之，如果这种支付方式是为了逃避劳动法律义务或骗取待遇，那么就是违法的。