对于未登记房屋认定具有一定信赖利益的，补偿方式需结合具体情况，从法律原则、信赖利益保护范围、补偿方式及程序等角度综合考量，以下为详细分析：

1. 法律原则与信赖利益保护基础
   根据《民法典》及相关司法解释，行政机关或相对人基于对行政行为的信赖而产生的利益，若该行政行为因合法性瑕疵被撤销或变更，信赖利益受损方有权获得补偿。未登记房屋若因历史原因（如政策限制、登记制度不完善）未办理产权登记，但权利人长期实际占有、使用且无过错，其信赖利益可能受法律保护。例如，因政府承诺未兑现导致无法登记，或登记机关过错导致未登记的情形，权利人可主张补偿。

2. 信赖利益保护范围
   补偿范围通常限于“直接损失”，即因信赖行政行为而实际支出的费用或丧失的现有利益，例如：

   • 房屋建设成本（如材料、人工费用）；
     
   • 长期居住产生的附属设施投入（如装修、改建费用）；
     
   • 因房屋被征收或拆迁导致的搬迁、临时安置费用。
     注意：若房屋存在违法建设情形（如超面积、违反规划），信赖利益可能仅限于合法部分，违法部分不予补偿。

3. 补偿方式与程序

   • 协商补偿：权利人可与行政机关协商，通过货币补偿、安置房置换等方式解决。例如，在征收补偿中，可参照周边类似房屋市场价值协商补偿标准。
     
   • 行政裁决或诉讼：若协商未果，可申请行政裁决或提起行政诉讼，由法院或行政机关根据房屋实际使用情况、权利人过错程度、公共利益需求等因素综合判定补偿金额。
     
   • 证据固定：权利人需提供证据证明信赖利益存在（如政府文件、承诺书、缴费凭证、邻居证言等），以支持补偿主张。

4. 特殊情形处理

   • 历史遗留问题：若房屋因政策原因未登记（如“房改房”未过户、小产权房），需结合地方性法规或政策处理。例如，部分地区对符合条件的小产权房给予“确权登记”或“有限补偿”。
     
   • 行政机关过错：若未登记系因登记机关失误（如丢失档案、错误注销），行政机关可能需承担国家赔偿责任，补偿范围包括房屋价值及权利人其他损失。

行动建议：若您面临此类问题，建议立即收集房屋使用证据（如水电费单据、社区证明）、政府文件或承诺材料，并咨询专业律师评估补偿方案合法性及合理性。不同地区政策差异较大，需结合具体案情制定策略。