支付加班费与是否申请综合计算工时制之间没有直接的因果关系，企业不能仅因支付加班费就规避申请综合计算工时制的义务。以下从不同角度为你详细分析：
- 法律规定的角度
- 根据我国《劳动法》及相关规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。这是对标准工时制下加班时间的规定。
- 而综合计算工时制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。实行综合计算工时制需要经过劳动行政部门的审批，企业不能自行决定。即使企业支付了加班费，如果没有经过审批而擅自实行综合计算工时制，仍然是违法的。
- 加班费支付与工时制的关系角度
- 在标准工时制下，企业安排劳动者加班需要按照法律规定支付加班费。例如，工作日加班支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 在综合计算工时制下，也有相应的加班费支付规定。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，并按规定支付加班费。如果企业没有申请综合计算工时制，却按照综合计算工时制的方式来安排工作和支付加班费，可能会面临劳动纠纷和法律风险。
- 企业合规运营的角度
- 企业应当遵守法律法规，按照规定的程序申请和实行相应的工时制度。如果企业确实因为生产经营需要实行综合计算工时制，应该及时向劳动行政部门提出申请，获得批准后再按照规定执行。
- 仅仅支付加班费并不能替代合法的工时制度审批程序。企业不能为了降低成本或方便管理而忽视法律规定，否则可能会面临劳动行政部门的处罚，如警告、罚款等，同时也会影响企业的声誉和与劳动者之间的关系。
建议：企业应根据自身的生产经营特点和实际情况，合理选择工时制度，并按照法律规定办理相关审批手续。如果对工时制度的选择和申请有疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供详细的法律指导。