企业扣加班工资通常是不合法的。以下从法律依据、合法与违法情形、劳动者应对措施等角度进行详细分析：
法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
这意味着，加班费是劳动者因超出正常工作时间劳动而应得的额外报酬，用人单位无权随意扣除。
合法与违法情形分析
合法情形：
- 在极少数特殊情况下，如果劳动合同或企业合法有效的规章制度中有明确规定，且这些规定不违反法律法规（如扣款金额合理、加班安排符合法定条件等），同时劳动者事先知晓并同意，那么企业可能依据此规定进行一定的扣款（但这种情况极为罕见，且需严格符合法律条件）。然而，这并不意味着企业可以随意扣除加班工资，而是必须在极其严格的条件下进行。
违法情形：
- 未经协商强制加班并扣工资：用人单位未与员工协商就强行要求加班，员工拒绝后却以此为由扣发工资，这是典型的违法行为。例如，企业突然接到紧急订单，在未征求员工意见的情况下，要求全体员工周末加班赶工，有员工因家中有事拒绝加班，企业便以不服从工作安排为由扣除了其当月奖金或加班工资，这种行为违反了劳动法和劳动合同法的规定。
- 以不合理理由扣工资作为惩罚手段：有些用人单位将员工拒绝加班视为“不听话”“不配合”的表现，通过扣工资来惩罚员工。比如，企业规定员工必须无条件服从加班安排，否则每次拒绝加班扣除一定金额的工资，这种规定本身就是不合理的，以此为依据扣工资更是违法的。
劳动者应对措施
- 与企业协商：首先，劳动者可以尝试与企业进行沟通协商，要求企业支付被扣除的加班工资，并解释扣除的原因。如果企业同意支付，问题即可解决。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉企业的违法行为。劳动监察部门有权对企业进行调查，并要求其改正违法行为。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不满意，或者企业拒绝改正违法行为，劳动者可以申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，劳动者需要提供相关证据来证明自己的权益受到侵害，如加班记录、工资条、企业扣款通知等。
可能的法律后果
如果企业违法扣除加班工资，除了需要支付被扣除的工资外，还可能面临劳动监察部门的罚款等行政处罚。同时，企业的违法行为也可能影响其声誉和员工满意度，进而对企业的长期发展产生不利影响。
总结来说，企业扣加班工资通常是不合法的。劳动者在遇到这种情况时，应积极维护自己的合法权益，通过与企业协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来解决问题。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。