商家在消费两年后拒绝补开发票的行为一般不合法，但需分情况讨论，具体如下：

1. 根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条：销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。该规定并未设定补开发票的时间限制，因此商家以“超过两年”为由拒绝补开发票缺乏法律依据。

2. 从消费者权益保护角度：根据《中华人民共和国消费者权益保护法》第二十二条，经营者提供商品或服务，应当按照国家规定或交易习惯向消费者出具发票等购货凭证。消费者有权要求补开发票，商家不得以时间过长为由拒绝。

3. 例外情形：若商家能证明消费者存在恶意补开发票（如虚构交易、偷逃税款等），或因客观原因（如原始凭证灭失、系统数据丢失等）确实无法补开，可能构成合法抗辩。但此类情形需商家承担举证责任，且实践中认定标准严格。

建议行动步骤：

• 与商家协商：明确要求补开发票，并保留消费凭证（如支付记录、合同等）作为证据。
• 向税务机关投诉：若协商无果，可拨打12366纳税服务热线或通过当地税务局官网举报，税务机关将责令商家限期改正，并可能处以罚款。
• 法律救济：若因未取得发票导致权益受损（如无法报销、维权困难），可向消费者协会求助或直接向法院起诉，要求商家履行义务并赔偿损失。

注意事项：补开发票时需确保交易真实性，避免虚构交易等违法行为。若商家已注销或失联，可向税务机关申请出具《无欠税证明》或通过其他途径维权。