商家以订单太久为由拒开发票，不合法。具体分析如下：

1. 发票开具的法定义务
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，商家在销售商品或提供服务时，必须向消费者开具发票，这是法定义务，不因交易时间、金额大小或消费者是否主动索要而免除。即使订单时间较长，只要交易真实发生，商家仍需履行开票义务。

2. “订单太久”不是合法抗辩理由
   商家以“订单太久”为由拒绝开票，缺乏法律依据。法律未规定发票开具的时效限制（除非商家已注销或存在其他客观无法履行的情形）。若商家以此为由推诿，可能涉嫌偷逃税款或违反发票管理规定，消费者可向税务机关举报。

3. 消费者维权途径

   • 与商家协商：明确要求商家补开发票，并保留交易凭证（如订单截图、付款记录等）。
     
   • 向税务机关投诉：拨打12366纳税服务热线或通过当地税务局官网举报，税务机关将责令商家限期改正，并可能对其处罚。
     
   • 法律诉讼：若商家拒不改正且造成损失（如影响报销、维权等），消费者可向法院起诉，要求商家履行开票义务并赔偿损失。

总结：商家不得以任何主观理由（如订单太久）拒绝开票，消费者应坚决维护自身权益，通过合法途径督促商家履责。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。