结论：实行月工资制度，按自然月天数计算工资，并依法安排周末和法定假日休息，这一做法本身并不违法。

详细分析：

1. 月工资制度与自然月天数计算：

   • 月工资制度是常见的工资支付方式，它通常以一个月为周期来计算和支付工资。
   • 按自然月天数计算工资，意味着工资的计算是基于当月的实际天数（如28天、29天、30天或31天），这种计算方式本身并不违反法律规定。
   • 关键在于，无论采用何种计算方式，都必须确保员工的工资不低于当地最低工资标准，且符合劳动合同或集体合同的约定。

2. 依法安排周末和法定假日休息：

   • 根据《劳动法》及相关规定，员工享有休息休假的权利，包括周末休息和法定假日休息。
   • 依法安排员工休息，是用人单位的法定义务，也是保障员工身心健康、提高工作效率的重要措施。
   • 如果用人单位在周末或法定假日安排员工工作，必须按照法律规定支付加班费或安排补休。

3. 综合考量：

   • 实行月工资制度，并按自然月天数计算工资，同时依法安排周末和法定假日休息，这一做法既符合工资支付的一般原则，也体现了对员工休息休假权利的尊重。
   • 只要用人单位确保员工的工资不低于最低工资标准，且按照法律规定支付加班费或安排补休（如适用），那么这种做法就是合法的。

法律建议：

• 用人单位在制定工资支付制度时，应明确工资的计算方式、支付周期以及加班费的支付标准等，以确保制度的合法性和透明度。
• 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付和休息休假的部分，以确保自己的权益得到保障。
• 如果员工对工资支付或休息休假安排有疑问或不满，应及时与用人单位沟通协商，或向劳动监察部门投诉举报。

可能后果：

• 如果用人单位违反法律规定，未按照约定支付工资或未安排员工休息休假，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
• 员工也有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资、加班费或赔偿金等。

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