结论前置：月薪制下法定工资按90天核算是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
关于工资核算周期与法定要求
- 法律规定：根据《工资支付暂行规定》第七条，工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。这表明，工资核算周期通常以月为单位，而非固定以90天为周期。
- 特殊情况：若用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准、不违反工时制度等），则按90天核算工资可能不违法。但这种情况较为特殊，需严格审查合同条款的合法性与合理性。
关于工资核算方式与工伤赔偿
- 工伤赔偿基数：在工伤赔偿中，若劳动者因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗，其停工留薪期内的原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”通常指劳动者受伤前12个月的平均工资，而非按90天核算。
- 核算方式影响：若用人单位擅自将月薪制改为按90天核算工资，可能导致劳动者在工伤赔偿时基数降低，从而损害其合法权益。这种情况下，该核算方式可能因违反工伤赔偿的法定原则而被认定为违法。
关于劳动合同与集体合同的约定
- 劳动合同约定：根据《劳动合同法》第十七条，劳动合同应当具备劳动报酬等条款。若劳动合同中明确约定了工资核算周期为90天，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，则可能有效。但需注意，此类约定需经劳动者同意，且不得损害劳动者权益。
- 集体合同规定：若用人单位与工会或职工代表签订了集体合同，且集体合同中规定了工资核算周期，则该规定对用人单位和劳动者均具有约束力。但同样需确保该规定不违反法律、行政法规的强制性规定。
法律建议与风险提示
- 审查合同条款：若您所在单位将月薪制改为按90天核算工资，建议您首先审查劳动合同或集体合同中是否有相关约定，并评估该约定的合法性与合理性。
- 咨询专业律师：若您对该核算方式存在疑问或认为其损害了您的合法权益，建议您咨询专业律师，以便根据具体情况评估法律风险并制定应对策略。
- 保留证据：无论核算方式如何变更，建议您保留好工资条、银行流水等证据，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
示例说明：假设您与用人单位签订的劳动合同中明确约定工资按90天核算，且该约定不低于当地最低工资标准、不违反工时制度等强制性规定，则该核算方式可能不违法。但若该约定导致您在工伤赔偿时基数降低或损害了您的其他合法权益，则您有权要求用人单位改正或寻求法律救济。
总结：月薪制下法定工资按90天核算是否违法需结合具体情况判断。若您对此存在疑问或认为该核算方式损害了您的合法权益，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。