结论：合同中约定工伤由乙方承担，该条款的效力及实际执行情况需根据具体情形判断，一般情况下，此类条款可能因违反法律强制性规定而无效，工伤赔偿责任仍需依法确定。以下从不同角度详细分析：
一、合同条款效力角度
违反法律强制性规定的条款无效：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，用人单位（甲方）有义务为劳动者（乙方）提供安全的工作环境，并在发生工伤时承担相应的赔偿责任。这是法律的强制性规定，旨在保护劳动者的合法权益。
- 如果合同中约定工伤由乙方承担，这实际上是在免除甲方的法定责任，加重了乙方的负担，因此该条款可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
合同自由原则的限制：
- 虽然合同自由原则是合同法的基本原则之一，但这一原则并非绝对。在涉及劳动者权益保护等社会公共利益领域，合同自由原则会受到一定的限制。
- 因此，即使合同中有工伤由乙方承担的约定，也可能因违反社会公共利益或公序良俗而被认定为无效。
二、工伤赔偿责任确定角度
依法确定赔偿责任：
- 无论合同中如何约定，工伤赔偿责任的确定都应依据相关法律法规进行。这包括《工伤保险条例》、《中华人民共和国社会保险法》等。
- 根据这些法律法规，用人单位（甲方）应依法为劳动者缴纳工伤保险费，并在发生工伤时承担相应的赔偿责任。这包括支付工伤医疗费、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等。
实际执行中的考量：
- 在实际执行中，如果合同中有工伤由乙方承担的约定，且该约定被认定为无效，那么甲方仍需依法承担工伤赔偿责任。
- 如果乙方因工伤遭受了损失，且甲方未依法承担赔偿责任，乙方可以通过法律途径维护自己的合法权益，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
三、特殊情况下的考量
乙方存在过错的情况：
- 如果工伤的发生是由于乙方自身的过错（如故意违章操作等）导致的，那么根据相关法律法规，乙方可能需要承担一定的责任。但这并不意味着甲方可以完全免除工伤赔偿责任。
- 在这种情况下，双方的责任划分应根据具体过错程度、损失大小等因素进行综合判断。
合同中有其他合法约定的情况：
- 如果合同中除了工伤由乙方承担的约定外，还有其他合法且不违反法律强制性规定的约定（如关于工伤预防、安全培训等方面的约定），那么这些约定可能是有效的。
- 但这并不影响工伤赔偿责任的依法确定和执行。
建议：在签订劳动合同时，双方应严格遵守相关法律法规的规定，避免约定违法或无效的条款。如果发生工伤事故，双方应依法确定赔偿责任，并通过合法途径解决争议。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。