结论前置：法定代表人自己办理了辞职手续但股东不同意，其辞职是否有效需分情况讨论。若公司章程有明确规定且辞职程序合法，则辞职有效；若公司章程无明确规定，则需依据《公司法》及相关法律规定，通过股东会决议等方式处理，此时若股东会作出同意辞职的决议，则辞职有效。
一、公司章程有明确规定的情况
辞职程序合法性：
- 若公司章程对法定代表人的辞职及变更程序有明确规定，法定代表人应严格按照章程规定的流程和要求执行辞职手续。
- 例如，章程可能规定法定代表人辞职需提前一定期限通知股东会，并提交书面辞职报告等。只要法定代表人遵循了这些规定，其辞职行为即具有合法性。
股东会决议的效力：
- 在章程有明确规定的情况下，股东会需依照章程进行表决，以决定是否同意法定代表人的辞职。
- 只要法定代表人的辞职及变更事项符合章程所规定的表决比例和程序要求，即便部分股东不同意，变更决议依然有效。
二、公司章程无明确规定的情况
依据《公司法》及相关法律规定处理：
- 在公司章程未对法定代表人变更程序作出规定时，应依据《公司法》及相关法律规定处理。
- 法定代表人可提议召开临时股东会，讨论并表决辞职及变更事项。有限责任公司股东按出资比例行使表决权，股份有限公司股东每持有一股即有一表决权。
股东会决议的作出：
- 股东会应就法定代表人的辞职及变更事项进行表决，并作出决议。
- 若决议获得通过（通常需达到法定或章程规定的表决比例），则法定代表人的辞职有效，公司应办理相应的变更登记手续。
法律途径解决争议：
- 若股东会无法作出决议或部分股东拒绝配合办理变更登记手续，法定代表人可向人民法院提起诉讼。
- 提起诉讼前，应准备好相关证据，如辞职报告、公司章程、股东会决议（如有）等，以证明辞职行为的合法性。
- 通过法律途径追究拒绝配合的股东的违约责任，并要求其履行协助变更义务。
三、注意事项
工作交接：
- 在辞职前，法定代表人应确保与公司的工作交接顺利进行，包括印章、文件资料、财务账目等的交接。
- 这有助于维护公司的正常运营和避免潜在的法律纠纷。
遵守法律法规：
- 整个辞职过程中，法定代表人应严格遵守相关法律法规的规定，确保辞职行为的合法性。
- 避免因违反法律法规而承担不必要的法律责任。
配合变更登记：
- 辞职后，法定代表人应积极配合公司办理相关变更登记手续，以确保公司经营的连续性和稳定性。
- 若公司拒绝办理变更登记，已辞职的法定代表人可通过诉讼等法律途径要求公司履行变更登记义务。
进一步思考：在实际操作中，法定代表人辞职但股东不同意的情况可能涉及复杂的法律关系和利益冲突。因此，建议法定代表人在辞职前充分了解公司章程和相关法律法规的规定，并咨询专业律师的意见，以确保辞职行为的合法性和有效性。同时，股东也应尊重法定代表人的辞职权利，并积极配合办理相关变更登记手续，以维护公司的正常运营和利益。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。