当有限责任公司的法定代表人想要辞职，但股东不配合时，这是一个涉及公司治理结构和法律程序的问题。以下是我从多个角度为你提供的详细解答和建议：

1. 初步处理与协商

• 提出辞职申请：首先，你应向公司股东（或股东会）正式提出辞职申请，并尝试通过友好协商达成一致意见。尽管股东可能持不同意见，但辞职是你的个人权利，只要程序合法，即可生效。
• 沟通原因与寻求理解：诚恳地向其他股东说明不再担任法定代表人的具体原因，如个人职业规划调整、健康问题等。通过理性交流，让其他股东理解你的处境，并尝试提出合理的替代方案或折衷方案。

2. 依据公司章程处理

• 查阅公司章程：紧接着，应仔细查阅公司章程，明确其中是否对法定代表人的辞职及变更程序有具体规定。
• 有明确规定的情况：若公司章程对法定代表人变更的程序有明确规定，则应严格按照章程规定的流程和要求执行。通常需要召开股东会会议，由股东会依照章程进行表决。只要你的辞职及变更事项符合章程所规定的表决比例和程序要求，即便部分股东不同意，变更决议依然有效。
• 无明确规定的情况：在公司章程未对法定代表人变更程序作出规定时，应依据《公司法》及相关法律规定处理。你可以提议召开临时股东会，讨论并表决辞职及变更事项。有限责任公司股东按出资比例行使表决权，股份有限公司股东每持有一股即有一表决权。同时，积极与其他股东沟通，说明辞职的必要性和合理性，争取获得更多支持。

3. 办理变更登记

• 股东会决议后立即申请：一旦股东会作出同意你辞职及变更的有效决议，公司应立即向公司登记机关申请变更登记。
• 所需提交的文件材料：通常包括股东会决议、你签署的变更登记申请书、新法定代表人的身份证明等。
• 公司拒绝办理时的法律途径：若公司拒绝办理变更登记，你可通过诉讼等法律途径要求公司履行变更登记义务。

4. 法律途径解决争议

• 提起诉讼：若协商和依据公司章程处理均无法解决问题，你可以向人民法院提起诉讼。提起诉讼前，应准备好相关证据，如辞职报告、公司章程、股东会决议等，以证明辞职行为的合法性。通过法律途径追究拒绝配合的股东的违约责任，并要求其履行协助变更义务。
• 行政投诉：你还可以向市场监督管理部门举报公司未及时履行法定变更义务，借助行政力量督促整改。根据《企业信息公示暂行条例》的相关规定，逾期未变更将可能被列入异常名录。

5. 注意事项

• 工作交接：在辞职前，确保与公司的工作交接顺利进行，包括印章、文件资料、财务账目等的交接，以避免后续纠纷。
• 遵守法律法规：整个辞职过程中，应严格遵守相关法律法规的规定，确保辞职行为的合法性。
• 配合变更登记：辞职后，应积极配合公司办理相关变更登记手续，以确保公司经营的连续性和稳定性。

6. 特殊情况处理

• 股权转让：如果你是公司股东，且希望彻底退出公司事务，可以考虑将股份转让给其他股东或股东以外的人。根据《公司法》的相关规定，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权；向股东以外的人转让股权时，应书面通知其他股东并征求同意。
• 推荐合适人选：在辞职时，你可以向股东会推荐合适的法定代表人人选，以帮助公司顺利过渡并减少因你的辞职而带来的不利影响。

综上所述，当有限责任公司法定代表人想辞职但股东不配合时，应通过查阅公司章程、协商、股东会决议、法律途径等多种方式综合处理问题，并确保及时办理变更登记以维护自身和公司的合法权益。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。