股东申请注销公司而法定代表人不配合时，股东可采取以下措施来维护自身权益并推动公司注销进程：
一、明确股东权利与义务，形成有效决议
股东权利基础：根据《公司法》及相关法律法规，股东作为公司的出资人，享有包括决定公司解散、清算等重大事项的权利。这是股东推动公司注销的法律基础。
召集股东会：股东应召集股东会，就公司注销事宜进行讨论并表决。在召集过程中，需确保会议通知的合法性和有效性，包括通知的时间、方式、内容等，以保障所有股东的知情权。
形成有效决议：在股东会上，股东应就注销公司事宜形成有效决议。决议内容应明确注销的原因、方式、时间等关键要素，并保留相关会议记录作为证据。若法定代表人仍不配合，此决议将成为后续法律行动的重要依据。
二、与法定代表人沟通协商，寻求共识
深入了解原因：在采取法律行动前，股东可尝试与法定代表人进行深入沟通，了解其不配合的具体原因。可能是对清算结果有异议、对注销流程不了解或有其他利益诉求。
明确法律后果：向法定代表人详细阐述不配合注销可能带来的法律后果，包括个人信用受损、未来注册新公司或贷款受限等，以及可能面临的额外法律责任。
寻求共识与解决方案：通过友好协商，尝试达成一个双方都能接受的解决方案。例如，可以就清算方案、债务处理等关键问题达成一致，以推动注销进程的顺利进行。
三、采取法律行动，维护股东权益
提起诉讼：若通过沟通协商无法解决问题，股东可依法向法院提起诉讼，请求法院判令法定代表人配合注销公司的相关手续。在诉讼过程中，需准备充分的证据，如公司章程、股东决议、书面通知及送达凭证等，以证明注销的合法性和必要性。
申请强制执行：若法院判决法定代表人需配合注销，但其仍不履行义务，股东可申请法院强制执行。法院将采取必要措施，确保注销手续的顺利进行。
四、依据公司章程与法律程序推进注销
查阅公司章程：股东应仔细审查公司章程中关于公司解散、清算和注销的相关规定。这些规定可能涉及注销的条件、程序、表决权比例等关键要素，对注销流程具有指导意义。
遵循法定程序：按照《公司法》的规定，成立清算组进行清算，编制资产负债表和财产清单，制定清算方案，并报股东会或人民法院确认。完成清算后，即可申请注销公司登记。在此过程中，需确保所有步骤的合法性和有效性。
利用章程规定：若公司章程中有关于超过一定表决权比例即可行使相关权利的规定（如超过三分之二表决权可以注销公司），股东可利用此规定来推动注销进程。在符合法定条件的情况下，召集股东会就注销事宜进行讨论并表决，即使法定代表人不配合，只要达到法定多数，决议即有效。
五、寻求专业机构与行政协助
引入专业机构：股东可聘请专业的会计师事务所、律师事务所等中介机构协助进行清算工作。这些机构能提供专业的法律意见和操作指导，增强清算过程的公正性和专业性。
寻求行政协助：股东可向当地的工商行政管理部门咨询公司注销的相关问题和程序。了解在法定代表人不配合情况下的解决途径和建议，获取实用的操作方法和争议解决方案。
在整个过程中，股东需注重证据的收集和保留，包括会议记录、书面通知、送达凭证、法院判决等。这些证据将在后续的法律行动中发挥关键作用，有助于维护股东的合法权益并推动公司注销进程的顺利进行。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。