结论前置：劳动者被母公司指派到子公司担任法定代表人或总经理等职务时，劳动关系的认定需根据实际情况综合判断，主要考虑劳动合同签订主体、工资发放主体、社保缴纳主体以及实际管理关系等因素。以下从不同角度进行详细分析：
劳动合同签订主体：
- 若劳动合同是与母公司签订：通常情况下，劳动者与母公司之间存在劳动关系。即使被指派到子公司工作，这种指派行为更多被视为母公司对劳动者的内部工作安排，不影响劳动关系的认定。
- 若劳动合同是与子公司签订：则劳动者与子公司之间存在劳动关系。此时，尽管劳动者可能因母公司的指派而到子公司工作，但劳动合同的签订主体是子公司，因此劳动关系应归属于子公司。
工资发放与社保缴纳主体：
- 工资发放与社保缴纳主体一致：如果劳动者的工资由母公司或子公司中的一方统一发放，且社保也由该方缴纳，这通常作为认定劳动关系的重要依据。但需注意，这并非绝对标准，还需结合其他因素综合判断。
- 工资发放与社保缴纳主体不一致：这种情况下，劳动关系的认定可能更为复杂。需要考察实际发放工资和缴纳社保的主体与劳动者之间的实际管理关系，以及是否存在代发代缴等特殊情况。
实际管理关系：
- 实际管理关系在母公司：如果劳动者虽然被指派到子公司工作，但实际工作安排、考核、晋升等均由母公司决定，且子公司对劳动者没有直接的管理权，那么劳动关系可能仍归属于母公司。
- 实际管理关系在子公司：如果劳动者在子公司工作期间，接受子公司的直接管理，包括工作安排、考核、晋升等，且母公司对劳动者在子公司的工作不直接干预，那么劳动关系可能归属于子公司。
特殊情况下的劳动关系认定：
- 关联企业混同用工：在母公司与子公司存在关联关系，且存在混同用工的情况下（如劳动者同时为母公司和子公司提供劳动，且难以区分具体为哪家公司提供），劳动关系的认定可能更为复杂。此时，需要综合考虑劳动合同签订、工资发放、社保缴纳、实际管理关系等多个因素，以及劳动者的工作内容、工作时间等具体情况进行判断。
- 借调或派遣关系：如果劳动者被母公司借调或派遣到子公司工作，且存在明确的借调或派遣协议，那么劳动关系的认定可能受到借调或派遣协议的影响。在这种情况下，需要仔细审查借调或派遣协议的内容，以确定劳动关系的归属。
法律建议：
- 对于劳动者而言，在签订劳动合同时应明确劳动合同的签订主体，并了解自己的工资发放、社保缴纳以及实际管理关系等情况，以便在发生劳动争议时能够准确主张自己的权益。
- 对于企业而言，在指派劳动者到子公司工作时，应明确劳动关系的归属，并在劳动合同、借调或派遣协议等文件中进行明确约定，以避免因劳动关系认定不清而引发的法律风险。
可能法律后果：
- 如果劳动关系认定不清，可能导致劳动者在发生工伤、解除劳动合同等情况下无法获得应有的权益保障。
- 对于企业而言，可能因劳动关系认定不清而面临劳动仲裁或诉讼的风险，甚至可能承担不必要的法律责任。
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