分公司开设农民工工资专用账户是合法的，但需满足一定条件并遵循特定流程。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性依据
法律法规支持：
- 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，为保障农民工工资支付，施工总承包单位应当按照有关规定开设农民工工资专用账户，专项用于支付该工程建设项目农民工工资。虽然该条例未直接提及分公司，但分公司作为总公司的分支机构，在总公司授权下，可以代表总公司进行相关业务操作，包括开设农民工工资专用账户。
银行账户管理规定：
- 银行账户管理规定允许符合条件的单位开设专用账户，以满足特定业务需求。分公司作为总公司的组成部分，在总公司同意并授权的情况下，可以开设农民工工资专用账户，用于支付农民工工资。
二、开设条件与流程
开设条件：
- 分公司需具备独立的营业执照或相关经营资质（若分公司不具备独立法人资格，则需总公司出具授权文件）。
- 分公司需与建设单位、施工总承包单位签订相关合同，明确农民工工资支付责任。
- 分公司需按照银行要求提供相关证明材料，如营业执照、授权文件、合同等。
开设流程：
- 准备材料：分公司需准备营业执照（或相关经营资质证明）、总公司授权文件、与建设单位或施工总承包单位签订的合同等。
- 选择银行：分公司需选择一家符合要求的银行，并了解该银行开设农民工工资专用账户的具体要求和流程。
- 提交申请：分公司向选定的银行提交开设农民工工资专用账户的申请，并附上相关证明材料。
- 审核与开户：银行对分公司提交的申请和证明材料进行审核，审核通过后为分公司开设农民工工资专用账户。
三、注意事项
合规性：
- 分公司在开设和使用农民工工资专用账户时，需严格遵守相关法律法规和银行账户管理规定，确保账户使用的合规性。
资金管理：
- 分公司需确保农民工工资专用账户内的资金专款专用，不得挪作他用。同时，需按照合同约定和法律法规要求，及时足额支付农民工工资。
监管与报告：
- 分公司需接受相关部门的监管和检查，如人力资源社会保障行政部门、住房城乡建设、交通运输、水利等相关行业工程建设主管部门等。同时，需按照要求定期报告农民工工资支付情况。
四、法律后果
若分公司未按照规定开设或使用农民工工资专用账户，可能面临以下法律后果：
- 行政处罚：相关部门可对分公司进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
- 信用惩戒：分公司的违法行为可能被记入信用记录，影响其信用评级和后续业务开展。
- 法律责任：若因分公司违法行为导致农民工工资未按时足额支付，分公司及其负责人可能需承担相应的法律责任。
建议：分公司若需开设农民工工资专用账户，应提前了解相关法律法规和银行账户管理规定，确保合规操作。同时，在开设和使用过程中，需加强资金管理和监管报告工作，确保农民工工资按时足额支付。如有任何疑问或需要进一步帮助，请直接向我咨询。