总承包单位的分公司能否开设农民工工资专户，需视具体情况而定，但通常情况下，若分公司具备独立财务核算能力且符合相关规定，是可以开设的。以下从不同角度进行分析：
一、分公司法律地位与财务核算能力
- 分公司法律地位：分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。然而，在业务运营和财务管理上，分公司可能具有一定的独立性。
- 财务核算能力：若分公司具备独立的财务核算能力，即能够独立进行财务记账、报税等财务活动，那么它在一定程度上可以视为一个相对独立的财务主体。
二、农民工工资专户开设规定
- 开设目的：农民工工资专户是为了保障农民工工资支付而设立的专用账户，确保工资能够按时、足额发放到农民工手中。
- 开设主体：通常，具备用工主体资格的单位可以开设农民工工资专户。这包括总承包单位、专业承包单位、劳务分包单位等。
- 分公司开设条件：若分公司作为总承包单位的分支机构，且在实际施工中承担了部分或全部工程任务，同时具备独立财务核算能力，那么它理论上是可以开设农民工工资专户的。但具体还需根据当地人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门以及其他有关部门的实际规定和操作流程来确定。
三、实际操作建议
- 咨询当地部门：由于不同地区对于农民工工资专户的开设和管理可能存在差异，因此建议总承包单位的分公司在开设前，先咨询当地的人力资源社会保障行政部门或相关行业工程建设主管部门，了解具体的开设条件和流程。
- 准备相关材料：在咨询并了解清楚开设条件后，分公司应准备相关的材料，如营业执照、税务登记证、独立财务核算证明等，以证明其具备开设农民工工资专户的资格。
- 遵守相关规定：在开设和使用农民工工资专户过程中，分公司应严格遵守相关规定，确保工资能够按时、足额发放到农民工手中，避免出现拖欠工资等违法行为。
四、法律后果
若分公司未经批准或不符合条件擅自开设农民工工资专户，或者在使用过程中违反相关规定，可能会面临行政处罚、民事赔偿等法律后果。因此，分公司应谨慎对待此事，确保合规操作。
总结来说，总承包单位的分公司在具备独立财务核算能力且符合当地相关规定的情况下，是可以开设农民工工资专户的。但具体还需根据当地的实际规定和操作流程来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。