核心结论：在一般耕地上违建厂房20年，从法律层面而言，该厂房仍属于违法建筑，原则上不能直接保留，但可通过补办手续、争取历史遗留问题处理政策等途径尝试使其合法化或避免被拆除，不过这些途径存在不确定性。以下为详细分析：

违法建筑性质认定

根据《土地管理法》等相关法律法规，未经批准在耕地上建设厂房属于违法占地行为，所建厂房属于违法建筑。违法建筑不受法律保护，行政机关有权依法责令拆除、恢复土地原状，并可处以罚款等行政处罚。即使该厂房已经存在20年，其违法性质并不会因为时间的推移而自动消除。

尝试保留的途径及面临的问题

1. 补办用地手续
   • 途径：如果该厂房的建设符合当地的土地利用总体规划和城乡规划，且符合产业政策等要求，可以尝试向相关部门申请补办用地审批手续。例如，向自然资源部门申请办理农用地转用审批手续，将耕地转为建设用地，同时办理建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等相关手续。
   • 面临问题：补办手续需要满足一系列严格的条件，包括符合规划、符合产业政策、有足够的用地指标等。而且，由于是违法建筑补办手续，可能还需要缴纳罚款等费用。此外，补办手续的流程较为复杂，需要经过多个部门的审批，审批时间可能较长，且最终能否补办成功也存在不确定性。
2. 争取历史遗留问题处理政策
   • 途径：一些地方政府为了妥善处理历史遗留的违法建筑问题，会出台相关的处理政策。如果该厂房属于历史遗留问题，可以关注当地政府是否出台了相应的政策，并按照政策要求申请处理。例如，有些地方规定对于在一定年限之前建设的、符合一定条件的违法建筑，可以给予一定的处罚后补办手续或者予以保留。
   • 面临问题：不同地区的历史遗留问题处理政策差异较大，且政策的适用范围和条件通常比较严格。需要仔细研究当地政策，看该厂房是否符合政策要求。同时，政策的执行也存在一定的灵活性，即使符合政策条件，也不一定能保证最终能够保留该厂房。
3. 与行政机关协商
   • 途径：可以主动与当地的自然资源、规划、城管等行政机关进行沟通协商，说明厂房的建设情况、使用情况以及对当地经济和社会的贡献等，争取行政机关的理解和支持。例如，可以承诺在一定期限内完善相关手续，或者对厂房进行改造升级，使其符合环保、安全等要求。
   • 面临问题：行政机关在处理违法建筑问题时，需要依法履行职责，维护法律的严肃性。因此，协商的结果往往具有不确定性，行政机关可能会要求拆除厂房或者采取其他强制措施。

风险提示

即使通过上述途径尝试保留厂房，仍然存在一定的法律风险。如果最终无法补办手续或者不符合历史遗留问题处理政策，行政机关仍然有权依法拆除厂房，并追究相关责任人的法律责任。此外，在补办手续或协商过程中，可能需要支付一定的费用，如罚款、土地出让金等，这也增加了保留厂房的成本。

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