违法占地二十年的处理需结合具体情况，核心结论如下：

1. 行政处罚层面
   根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还土地，限期拆除或没收地上建筑物，并处罚款（每平方米100-1000元）。关键点：

   • 即使占地行为持续二十年，行政机关仍可依法处罚，但需注意《行政处罚法》第三十六条规定的“违法行为追责期限”（通常为二年，涉及重大公共利益或连续状态的可延长）。若占地行为处于持续状态（如持续使用土地），则不受二年期限限制，行政机关仍可处罚。
     
   • 处罚对象为当前实际使用人或原违法主体（若未转让）。若土地已转让，需根据转让协议、实际使用情况等确定责任主体。

2. 土地权利恢复层面

   • 若占地行为导致原权利人（如集体经济组织、其他个人）土地被侵占，原权利人可依据《民法典》第二百三十三条、第二百三十五条要求返还原物、恢复原状，或通过民事诉讼主张赔偿。
     
   • 特殊情形：若占地行为涉及农村集体土地，且符合《土地管理法》第六十二条规定的“一户一宅”等条件（如村民自建住宅），可能需结合地方政策处理，但违法占地本身不因时间久远而合法化。

3. 刑事责任层面
   若占地行为符合《刑法》第三百四十二条规定的“非法占用农用地罪”（占用基本农田五亩以上或基本农田以外的耕地十亩以上，造成耕地种植条件严重毁坏），即使行为持续二十年，仍可能被追究刑事责任。关键点：

   • 刑事追诉不受行政处罚追责期限限制，但需证明行为符合犯罪构成要件（如主观故意、客观毁坏程度等）。
     
   • 若行为人已接受行政处罚或民事赔偿，不影响刑事追责，但可能作为量刑情节考虑。

4. 历史遗留问题处理
   若占地行为发生在特定历史时期（如改革开放初期），且符合当时政策（如乡镇企业用地、村民自建房等），可能需结合地方性法规或政策处理。建议：

   • 查阅当地历史土地政策文件，确认是否属于“历史遗留问题”；
     
   • 若符合补办用地手续条件（如缴纳罚款、补办审批），可依法申请完善手续，避免持续违法状态。

行动建议：

• 若您是占地方，建议立即停止违法行为，主动与自然资源主管部门沟通，评估是否可补办手续或接受处罚后合法使用；
  
• 若您是原权利人，可收集土地权属证明（如土地证、承包合同）、占地证据（如照片、证人证言），通过行政投诉或民事诉讼主张权利；
  
• 若涉及刑事风险，建议尽快咨询律师，评估行为性质及后果，必要时配合调查以争取从宽处理。
  

如有进一步细节（如土地性质、占地用途、是否涉及政府项目等），可向我补充说明，我会为您分析更具体的处理方案。