针对“个人占用集体土地二十多年怎么处理”这一问题，核心结论需结合具体法律情形来分析，以下是详细说明：

1. 确认土地权属与占用性质
   首先需明确被占用的土地是否确实属于集体所有（如宅基地、耕地、林地等），且占用行为是否未经合法审批（如未取得集体土地使用权证、未签订承包合同等）。若占用行为自始违法（如私自圈占、强占），则无论占用时长，均不改变违法性质。

2. 占用时长的法律意义
   根据《民法典》第344条至第362条，集体土地使用权需通过合法程序取得（如承包、租赁、审批等）。若占用行为持续20年以上且未被集体组织追认或补办手续，通常不产生“时效取得”效力（与私有财产的“善意取得”或“时效取得”不同，集体土地所有权受法律严格保护，不存在因长期占用而自动合法化的情形）。

3. 可能的处理方式

   • 行政处理：集体组织或土地管理部门可依据《土地管理法》第77条、第83条，要求占用者退还土地、拆除违法建筑、恢复土地原状，并可能处以罚款。
     
   • 民事诉讼：集体组织作为原告，可起诉占用者返还土地、赔偿损失（如土地收益损失）。若占用者将土地转租或用于经营，集体组织还可主张追缴非法所得。
     
   • 刑事责任：若占用行为涉及破坏耕地、非法转让土地使用权等情节（如占用基本农田建房），可能触犯《刑法》第342条（非法占用农用地罪）或第228条（非法转让、倒卖土地使用权罪），需承担刑事责任。

4. 特殊情形：历史遗留问题
   若占用行为发生在特定历史时期（如改革开放初期），且占用者长期实际使用土地、集体组织未明确反对，可能涉及“历史遗留问题”。此类案件需结合当地政策、土地管理历史沿革综合判断，部分地区可能通过“确权登记”或“补办手续”方式化解矛盾，但需以现行法律框架为前提。

建议行动步骤：

1. 收集证据：土地权属证明（如集体土地所有证）、占用行为证据（如照片、证人证言）、沟通记录（如集体组织要求退还的通知）。
   
2. 协商解决：优先与集体组织协商，尝试通过补办手续、签订租赁合同等方式合法化占用行为。
   
3. 法律程序：若协商无果，可依据上述法律途径主张权利，或应对集体组织的追责行动。
   

如有进一步细节（如土地用途、占用者身份、当地政策等），可向我补充说明，以便更精准分析。