当您发现承包方的合法权益被占用长达二十年时，这确实是一个需要严肃对待的问题。不过，您仍然有权通过法律途径来维护自身的权益。以下是一些详细且具有深度的建议，希望能帮助您妥善处理这一问题：

一、确认权益与收集证据

首先，您需要明确自己对相关土地或资源拥有合法的承包权或使用权。这通常可以通过查看并准备好以下材料来证明：

• 承包合同：这是证明您承包权益的最直接证据，应详细查看合同条款，确认承包期限、范围及双方的权利义务。
• 土地使用证或相关权属证明：如果涉及土地，土地使用证是证明您土地使用权的关键文件。
• 其他相关文件：如宅基地审批文件、政府批文等，也可能作为权属证明的一部分。

同时，收集侵权证据同样至关重要。这包括：

• 现场照片、视频：直观反映土地或资源被侵占的现状，有助于证明侵权事实。
• 证人证言：知情邻居、村委会成员或其他相关人员的证言，可以提供额外的证据支持。
• 沟通记录：与侵占方的聊天记录、通话录音等书面材料，可以证明您曾尝试解决问题但未果。

二、尝试协商解决

在确认侵权事实后，首选的解决方式是通过与侵占方进行沟通协商。您可以：

• 直接沟通：指出其侵占行为的违法性，明确要求其停止侵占并返还土地或资源。在此过程中，注意保留聊天记录、通话录音等证据。
• 寻求第三方调解：如果直接协商无果，可以寻求村委会、乡镇政府或人民调解委员会等第三方的帮助，利用其权威性和经验促进双方和解。

三、申请行政处理

若协商不成，且涉及农村土地权属争议，您可以根据《土地权属争议调查处理办法》向争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门提出书面申请，请求其对土地权属争议进行调查和处理。行政机关将依据双方证据和调查情况作出处理决定。如果您对处理决定不服，还可以在规定时间内申请行政复议或提起行政诉讼。

四、提起民事诉讼

如果行政处理无法解决问题，或者土地侵权事实清楚且无权属争议，您可以向人民法院提起民事诉讼。在此过程中，您需要注意：

• 诉讼时效问题：土地使用权作为不动产物权，不适用一般的三年诉讼时效规定。因此，您有权随时提起诉讼要求返还土地或资源。
• 准备诉讼材料：撰写起诉状，明确原被告信息、诉讼请求、事实和理由；整理并提交证据材料副本。
• 参加庭审：遵守法庭纪律，充分陈述观点与证据，反驳对方主张。法院将根据双方证据和庭审情况作出判决。如果您对一审判决不服，还可以在上诉期内提起上诉。

五、保持耐心与冷静

由于土地使用权纠纷可能涉及复杂的法律问题和较长的处理时间，您需要保持耐心和冷静。在整个过程中，持续关注和保留相关证据，积极配合律师和政府部门的工作，确保您的权益得到充分保护。

综上所述，面对承包方合法权益被占用的问题，您应依法行事，通过收集证据、尝试协商、申请行政处理以及提起民事诉讼等途径来维护自身合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。