当您发现自己的承包方合法权益被他人占用时，这确实是违法行为，您有权采取一系列措施来维护自己的合法权益。以下是一个系统且详细的处理流程，希望能帮助您妥善解决问题：
一、明确占用事实与收集证据
详细记录占用情况：
- 您需要详细记录土地被占用的具体情况，包括被占用的面积、具体位置、占用开始的时间以及占用人是谁。
- 这些信息是后续处理的基础，务必准确无误。
收集相关证据：
- 找出您的土地承包合同、经营权证等文件，这些是证明您对土地拥有合法承包权的直接证据。
- 通过拍照、录像等方式记录土地被占用的现状，这些视觉证据能直观展示占用情况。
- 如果可能，收集邻居或其他目击者的证词，以证明土地被占用的事实和损失情况。
二、尝试友好协商
与占用人沟通：
- 在发现土地被占用后，首先尝试与占用人进行友好协商。
- 明确告知对方您对土地的合法承包权，并了解对方占用的原因。
- 尝试通过协商达成解决方案，如要求对方限期清理并归还土地。
保留协商证据：
- 在协商过程中，保留好聊天记录、通话录音等证据，以备后续需要。
三、寻求第三方调解
向基层组织反映：
- 如果协商无果，您可以向当地的村民委员会、居民委员会或乡镇政府等基层组织提出调解申请。
- 这些组织通常具有本地威望和调解能力，能够组织双方进行协商，促使占用人停止侵权行为。
向自然资源主管部门反映：
- 同时或单独向当地的自然资源主管部门反映情况，请求其协助处理土地纠纷。
- 自然资源主管部门具有行政处理职责，能够依法进行调查和调解。
四、法律途径维权
申请土地仲裁：
- 根据《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》，您可以向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁。
- 提交仲裁申请书，详细说明纠纷事实、理由和请求，并附上相关证据。
- 仲裁委员会将依法审理并作出裁决，裁决具有法律效力。
提起民事诉讼：
- 如果仲裁未能解决问题或您选择跳过仲裁程序，您可以直接向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。
- 在起诉状中明确您的诉讼请求，如要求占用人停止侵权行为、返还土地、赔偿经济损失等。
- 提供充分证据证明您对土地的合法承包权及对方的侵权行为。
- 法院将依据法律和事实进行审理，并作出判决。如果对方不履行判决，您可以申请强制执行。
五、保留证据与寻求法律援助
全程保留证据：
- 在整个维权过程中，务必妥善保管所有相关证据，包括承包合同、土地使用证、现场照片、录音录像等。
- 这些证据是您维护合法权益的重要依据。
寻求法律援助：
- 如果您对法律程序不熟悉或遇到困难，应及时寻求专业律师的帮助。
- 律师将提供法律咨询、代理服务，帮助您更好地维护合法权益。
- 如果您经济困难，无力支付律师费用，可以向当地法律援助机构申请法律援助。
总结与建议
面对承包方合法权益被他人占用的情况，您应首先尝试通过友好协商解决；协商无果后，可依次寻求基层组织调解、行政处理；必要时，可通过法律途径申请仲裁或提起诉讼。在整个过程中，保留好相关证据并适时寻求法律援助是至关重要的。请保持冷静和理性，通过合法、合理的途径解决问题，以有效维护您的合法权益。