针对您提出的“集体土地被个人占用并有合法承包权怎么处理”的问题，这是一个涉及法律权益和土地管理的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、明确占用行为的合法性
首先，需要明确的是，即使个人拥有土地的合法承包权，也并不意味着可以随意改变土地用途或非法占用超出承包范围的土地。如果个人占用的土地超出了其承包合同约定的范围，或者改变了土地用途（如将耕地转为建设用地），则这种占用行为可能是非法的。
二、处理非法占用行为的途径
友好协商：
- 在发现个人非法占用集体土地时，首先可以尝试与占用者进行友好协商，明确告知其占用行为可能违反的法律法规，并要求其停止侵权行为，归还超出承包范围或改变用途的土地。
向相关部门举报：
- 如果协商无果，可以向乡镇人民政府或县级以上人民政府的自然资源主管部门进行举报。这些部门有权力和职责来依法处理此类事件，包括调查占用情况、责令退还非法占用的土地等。
申请仲裁或诉讼：
- 还可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，通过专业的仲裁机构来确认土地承包经营权，解决可能存在的土地承包经营纠纷。
- 如果涉及重大问题，如土地征收、大规模非法占用等，可以依据《土地管理法》等相关法律法规，向县级以上地方人民政府申请行政复议或提起行政诉讼，以维护村集体的合法权益。
三、法律责任与后果
民事责任：
- 如果个人非法占用集体土地，村集体作为土地所有权人，有权要求其返还土地、恢复原状，并赔偿因占用行为给村集体造成的经济损失。
行政责任：
- 依据《土地管理法》，违法占用集体土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并可能面临罚款。
刑事责任：
- 如果非法占用集体土地数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏，可能构成非法占用农用地罪，依法追究刑事责任。
四、建议与注意事项
收集证据：
- 在处理集体土地被个人占用的问题时，一定要收集和保留好相关的证据，如土地权属证明、照片、证人证言等，以支持自己的主张和诉求。
依法维权：
- 在整个处理过程中，要依法行事，避免采取过激或违法的行为。通过合法的途径和程序来维护村集体的土地权益。
关注后续问题：
- 在解决土地占用问题后，还需要关注被占用土地的恢复原状责任、赔偿方式和金额等后续问题，确保村集体的利益得到全面保障。
综上所述，面对集体土地被个人占用并有合法承包权的情况，我们需要冷静分析、依法处理，通过友好协商、向相关部门举报、申请仲裁或诉讼等途径来维护村集体的合法权益。